Nøgleforskellen mellem primer og promotor er, at primer er en kommercielt syntetiseret kort DNA-sekvens, som bruges i PCR til amplifikation af en mål-DNA-sekvens, mens promotor er en specifik DNA-sekvens, som giver et sikkert initi alt bindingssted for RNA polymerase og transkriptionsfaktorer for at initiere transkription.
Primer og promotor er to typer DNA-sekvenser. Primer er et lille fragment af DNA, der er nødvendigt til polymerasekædereaktion (PCR). Den har korte nukleotidsekvenser, der er komplementære til den flankerende ende af DNA-strengen. Der findes to typer primere, og de fungerer som udgangspunkt for syntesen af nye DNA-strenge. I modsætning hertil er en promotor en specifik DNA-sekvens placeret opstrøms for transskriptionsinitieringsstedet for et gen. Det interagerer direkte med transkriptionsmekanismens komponenter såsom RNA-polymerase og transkriptionsfaktorer for at kontrollere DNA-transkription. Derfor binder RNA-polymerase og andre transkriptionsfaktorer til promotorsekvensen og initierer transkription.
Hvad er en Primer?
Primere er korte DNA-sekvenser designet til amplifikation af mål-DNA-sekvenser. Strukturelt har de korte nukleotidsekvenser, der er komplementære til de flankerende ender af DNA-dobbeltstrengene. De er norm alt omkring 20 nukleotider lange. Under PCR'en katalyserer Taq-polymerase tilføjelsen af nukleotider til den allerede eksisterende nukleotidsekvens. Derfor tjener primere som udgangspunkt for syntesen af nye strenge. Taq polymerase virker kun i 5' til 3' retning. Derfor finder DNA-syntese også sted i den samme 5' til 3' retning. Da DNA er dobbeltstrenget, er to typer primere nødvendige i PCR. De er kendt som den fremadrettede primer og den omvendte primer, baseret på retningen af forlængelsen af primeren under DNA-syntesen.
Figur 01: Primere
Forward primer annealer med antisense DNA-streng og initierer syntesen af + streng af genet i 5' til 3' retning. Den har en kort nukleotidsekvens, som er komplementær til den 3'-flankerende ende af antisense-strengen. Omvendt primer annealer med sense-strengen og initierer syntesen af en komplementær streng af den kodende streng, som er - en streng af genet i 5'til 3'-retningen. Således er omvendt primer designet komplementært til 3'-enden af den kodende streng. Både omvendte og fremadrettede primere er vigtige for produktionen af millioner til milliarder af kopier af bestemte områder af DNA, som er målrettet eller interesseret.
Hvad er en Promoter?
Promotoren er en DNA-sekvens placeret opstrøms eller i 5′-enden af transskriptionsinitieringsstedet for et gen. Det giver et bindingssted for RNA-polymerase og visse regulatoriske elementer for at initiere transskriptionen af genet. Det er en regulatorisk sekvens, der er nødvendig for at tænde eller slukke for et gen. Der er en specifik nukleotidsekvens i promotoren. Den kan have 100-1000 basepar. Promotor viser retningen af transkription. Desuden angiver det den sansestreng, som skal transskriberes.
Figur 02: Promoter af et gen
Der er tre typer promotorelementer som kernepromotor, proksimal promotor og distal promotor. Kernepromotoren er den minimale del af promotoren, der kræves for at initiere transkription. Det er placeret mest proksim alt for startkodonet. TATA-boks er en konserveret region, der findes i mange eukaryote kernepromotorer. Det findes 25 til 35 basepar opstrøms for transkriptionsstartstedet. Den proksimale promotor findes mere opstrøms for kernepromotoren. Generelt er det placeret 250 basepar opstrøms for startkodonet og indeholder primære regulatoriske elementer. Den distale promotor findes opstrøms for den proksimale promotor, og den indeholder yderligere regulatoriske elementer. Bakterielle promotorer har to korte sekvenselementer i deres promotorer. TATAAT er konsensussekvensen placeret ved -10 af bakteriel promotor, mens TTGACA er konsensussekvensen ved -35. De er kendt som -10 element og -35 element.
Hvad er lighederne mellem Primer og Promoter?
- Primer og promotor er to typer DNA-sekvenser.
- De består af nukleotidsekvenser.
- Både primer og promotor er vigtige for genekspression.
Hvad er forskellen mellem Primer og Promoter?
Primer er en kort nukleotidsekvens designet til amplifikation af mål-DNA. I modsætning hertil er promotoren en specifik regulatorisk DNA-sekvens fundet opstrøms for transkriptionsinitieringsstedet for et gen. Så dette er den vigtigste forskel mellem primer og promotor. Primere er omkring 20 basepar lange, mens promotor kan have 100 -1000 basepar. Funktionelt fungerer primere som startsekvenser for den nye strengsyntese, mens promotorer kontrollerer gentranskription ved at tilvejebringe bindingssteder for RNA-polymerase og andre transkriptionsfaktorer.
Desuden er en promotor defineret som retningen af transkriptionen og angiver sense-strengen af et gen. Strukturelt er primer en kort, enkeltstrenget DNA-sekvens, mens promotor er en lang dobbeltstrenget DNA-sekvens.
Infografikken nedenfor viser flere sammenligninger relateret til forskellen mellem primer og promotor.
Oversigt – Primer vs Promoter
Primere er korte nukleotidsekvenser komplementære til de flankerende ender af mål-DNA-dobbeltstrengen. To typer primere anvendes i PCR. De tjener som startsekvenser for syntesen af nye strenge. Primere er kommercielt designet, og de er temperaturstabile sekvenser. På den anden side er promotoren en regulatorisk sekvens af et gen placeret opstrøms for transkriptionsinitieringsstedet. Promotorer styrer transskriptionen af gener. De tilvejebringer bindingssteder for RNA-polymerase og transkriptionsfaktorer for at initiere transkription. Dette er således opsummeringen af forskellen mellem primer og promotor.
