Nøgleforskellen mellem FISH og CGH er, at FISH er en molekylær teknik, der detekterer specifik DNA-sekvens på et kromosom ved hjælp af fluorescensmærkede prober, mens CGH er en anden molekylær cytogenetisk teknik, der detekterer ændringer i det genomiske DNA.
Cytogenetisk analyse spiller en vigtig rolle i medicin, når kromosomafvigelser påvises såsom aneuploidier, deletioner, duplikationer og omlejringer osv. Kromosomafvigelser fører til sidst til genetiske sygdomme såsom cancer, infertilitet, Downs syndrom, Klinefelters syndrom, Turner syndrom, leukæmi osv. Der findes forskellige molekylære cytogenetiske metoder til at påvise ovennævnte defekter og sygdomme. Blandt dem er FISH (fluorescerende in situ hybridisering) og CGH (komparativ genomisk hybridisering) to kraftfulde hybridiseringsteknikker. Begge metoder har dog fordele og ulemper.
Hvad er FISH?
FISH er en nukleinsyrehybridiseringsteknik, der udføres på en del eller en del af vævet i hele vævet eller cellerne. Det er en sonde-baseret metode. Teknikken afhænger af teorien om Watson Cricks komplementære baseparring, hvilket resulterer i enten DNA - DNA-hybrider eller DNA - RNA-hybrider, som således kan detektere muterede gener eller kan identificere genet af interesse. Yderligere anvender denne teknik enkeltstrengede DNA-sekvenser, dobbeltstrengede DNA-sekvenser, enkeltstrengede RNA-sekvenser eller syntetisk oligonukleotid fremstillet under anvendelse af nick-translation som prober, der er komplementære til gensekvenser af interesse. Desuden er det vigtigste træk ved denne teknik mærkningen af prober med fluorescensfarvestoffer. Således binder proberne til kromosomets komplementære dele og gør det let at påvise.
Yderuden er FISH en meget følsom og specifik metode. Derfor er det en almindelig teknik i både forskning og diagnose af hæmatologiske maligniteter og solide tumorer. Men FISH viser lav opløsning. Det kræver også forudgående viden om målabnormiteten at designe probesekvenser.
Figur 01: FISK
Der er mange anvendelser af FISH, hovedsageligt inden for molekylær diagnostik af infektionssygdomme for at identificere tilstedeværelsen af patogener og bekræfte patogenet via molekylær diagnostik. Desuden er FISH en almindeligt anvendt teknik inden for udviklingsbiologi, karyotyping og fylogenetisk analyse og fysisk kortlægning af kromosomer.
Hvad er CGH?
Komparativ genomisk hybridisering (CGH) er en anden DNA-baseret molekylær cytogenetisk teknik, der kan detektere ændringerne af genomiske DNA-sekvenser. Metoden er en avanceret metode, som kan analysere kromosom- og genmodifikationer for at påvise ændringer eller ændringer i de genomiske DNA-sekvenser. Yderligere kræver CGH isolering og fragmentering af DNA fra den eksperimentelle prøve og referenceprøve. Derefter skal prøverne mærkes med to forskellige fluorescerende farvestoffer (norm alt rød og grøn). Senere blandes begge prøver og tillades kompetitiv hybridisering. Det sidste trin er analysen af prøverne for ændringer i DNA såsom genduplikation, gentab osv. Det måler især forskellene i DNA-kopinummeret mellem testprøven og kontrolprøven.
Figur 02: CGH
En anden version af CGH er tilgængelig nu; det er en mere avanceret metode end den normale CGH. Det er en teknik kaldet array-baseret CGH eller aCGH. aCGH muliggør præcis identifikation af gen- eller sekvensdeletioner i mange tusinde sekvenser i ét enkelt eksperiment.
Hvad er lighederne mellem FISH og CGH?
- FISH og CGH er to molekylære teknikker.
- Både FISH og CGH er afhængige af nukleinsyrehybridisering.
- Også kræver begge teknikker designet prober til at detektere specifikke DNA-mål.
- Vi bruger dem til præ-natal og postnatal diagnosticering af genetiske sygdomme.
- Yderligere er både FISH og CGH meget kraftfulde værktøjer til at studere genomiske ændringer.
- De bruger fluorescerende farvestoffer til at mærke prober.
Hvad er forskellen mellem FISH og CGH?
FISH er en in situ hybridiseringsprocedure, der bruger fluorescerende prober til at detektere specifikke DNA-sekvenser, mens CGH er en molekylær hybridiseringsteknik, der detekterer ændringerne af genomiske DNA-sekvenser. Så dette er den vigtigste forskel mellem FISH og CGH.
Yderuden kræver FISH forudgående viden om målabnormiteten for at designe probesekvenser, mens CGH ikke kræver forudgående viden. En yderligere forskel mellem FISH og CGH er, at FISH viser begrænset opløsning, mens aCGH viser høj opløsning.
Nedenstående infografik opsummerer forskellen mellem FISH og CGH.
Oversigt – FISH vs CGH
FISH og CGH er to molekylære cytogenetiske teknikker, der letter påvisningen af gensekvenser af interesse. FISH letter påvisningen af specifik DNA-sekvens på et kromosom ved hjælp af fluorescensmærkede prober, mens CGH letter påvisningen af ændringer i det genomiske DNA. Så dette er den vigtigste forskel mellem FISH og CGH.
