Nøgleforskellen mellem CGH og array CGH er, at CGH er en traditionel molekylær cytogenetisk metode til at analysere kopiantal variation i DNA fra en testprøve, der har en lavere opløsning, mens array CGH er en fuldautomatisk molekylær cytogenetisk metode til analyserer kopinummervariation i DNA af en testprøve, der har en højere opløsning.
CGH og array CGH er to teknikker til at detektere kopinummervariationer hos enkeltpersoner. Variation af kopinummer refererer til de dele af genomet, der gentages. Antallet af kopier varierer fra person til person. Variation af kopital er generelt kategoriseret i to grupper: korte gentagelser og lange gentagelser. Et af de mest kendte eksempler på en variation af kort kopiantal er gentagelsen af CAG-trinukleotidet i huntingtin-genet. Dette forårsager en neurologisk lidelse kaldet huntingtin. Det bedste eksempel på variationer i lange gentagelser af kopiantal er alfa-amylasegenet, som forårsager insulinresistens. Variation af kopital kan detekteres ved hjælp af teknikker som FISH, CGH og array CGH.
Hvad er CGH?
CGH er en traditionel molekylær cytogenetisk metode til at analysere kopiantal variation i DNA fra en testprøve sammenlignet med en referenceprøve. Den har en lavere opløsning sammenlignet med automatiserede teknikker. Formålet med denne teknik er hurtigt og effektivt at sammenligne to genomiske DNA-prøver, der stammer fra forskellige kilder.
Figur 01: CGH
Proceduren involverer isolering af DNA fra to kilder: test og reference. Derefter er næste trin uafhængig mærkning af test- og reference-DNA-prøver med fluoroforer i forskellige farver. Senere blev de to DNA-prøver denatureret for at få de enkeltstrengede DNA-prøver. Endelig blev hybridiseringen af de to resulterende DNA-prøver i et 1:1-forhold til en normal metafasespredning af kromosomer udført. De kromosomale forskelle kan identificeres mellem de to kilder ved hjælp af et fluorescensmikroskop og computersoftware. Desuden er CGH-teknikken kun i stand til at detektere ubalancerede kromosomafvigelser.
Hvad er Array CGH?
Array CGH er en fuldt automatiseret molekylær cytogenetisk metode til at analysere kopiantal variation i DNA'et af en testprøve sammenlignet med en referenceprøve. Den har en højere opløsning, og den blev udviklet for at minimere begrænsningerne ved traditionel CGH. Array CGH kombinerer principperne for CGH med brugen af mikroarrays. I stedet for at bruge metafase-kromosomspredning, bruger denne metode objektglas med små DNA-segmenter som mål. Disse mikroarrays blev lavet ved at deponere og immobilisere en lille mængde DNA (prober) på en solid glasbærer. Størrelsen af prober kan variere fra oligonukleotid til et bakterielt kunstigt kromosom.
Figur 02: Array CGH
Uanset prober svarer den grundlæggende metode til array CGH til CGH. Når prober indeholdende mikroarray er forberedt, blandes de to DNA-prøver (test og reference) mærket med fluoroforer i forskellige farver sammen og føjes til mikroarrayet. Da DNA'et i prøverne er enkeltstrenget på grund af denaturering, hybridiserer dette DNA med arrayerede enkeltstrengede prober. Ved hjælp af et digit alt billeddannelsessystem er det muligt at identificere de kromosomale forskelle mellem de to kilder.
Hvad er lighederne mellem CGH og Array CGH?
- CGH og array CGH er to teknikker til at opdage kopinummervariationer.
- De er molekylære cytogenetiske metoder.
- Begge metoder diagnosticerer ubalancerede kromosomafvigelser.
- Fluoroforer er involveret i begge metoder.
- Begge metoder kan bruges til at detektere genetiske lidelser på grund af variationer i kopiantal.
- De er meget udbredt i komparativ genomisk analyse.
Hvad er forskellen mellem CGH og Array CGH?
CGH er en traditionel molekylær cytogenetisk metode til at analysere kopiantal variation i DNA af en testprøve, der har en lavere opløsning, mens array CGH er en fuldautomatisk molekylær cytogenetisk metode til at analysere kopiantal variation i DNA fra en testprøve der har en højere opløsning. Så dette er den vigtigste forskel mellem CGH og array CGH. Desuden hybridiserer test- og reference-DNA-prøver i CGH med en normal metafasespredning af kromosomer, men i array CGH hybridiserer test- og reference-DNA-prøver med de immobiliserede DNA-prober indeholdende mikroarray.
Nedenstående infografik viser forskellene mellem CGH og array CGH i tabelform til sammenligning side om side.
Oversigt – CGH vs Array CGH
CGH og array CGH er to molekylære cytogenetiske teknikker til at påvise ubalancerede kromosomale abnormiteter. De er meget udbredt i komparativ genomisk analyse. CGH er en traditionel molekylær cytogenetisk metode til at analysere kopiantal variation i DNA af en testprøve, der har en lavere opløsning. I modsætning hertil er array CGH en fuldt automatiseret molekylær cytogenetisk metode til at analysere kopiantal variation i DNA af en testprøve, der har en højere opløsning. Dette opsummerer således forskellen mellem CGH og array CGH.
