Nøgleforskellen mellem MLVA og MLST er, at MLVA bruger polymorfi af tandem-gentagne DNA-sekvenser til at karakterisere mikrobielle arter, mens MLST bruger polymorfi af DNA-sekvenser af interne fragmenter af flere husholdningsgener til at karakterisere mikrobielle arter.
Mikrobiel typning bruges norm alt til at bestemme kilden og ruterne for infektioner. Det bekræfter eller udelukker udbrud. Mikrobiel typebestemmelse sporer også krydsoverførsel af sundhedsrelaterede patogener og genkender virulente stammer. Desuden evaluerer mikrobiel typebestemmelse effektiviteten af kontrolforanst altninger for patogene mikrobielle arter. MLVA og MLST er to molekylærbiologiske teknikker, der bruges til mikrobiel typebestemmelse.
Hvad er MLVA?
Multiple loci VNTR-analyse (MLVA) er en molekylærbiologisk metode, der bruger polymorfi af tandem-gentagne DNA-sekvenser til at karakterisere mikrobielle arter. Det er en metode, der bruges til genetisk analyse af bestemte mikrobielle arter.
Under det første trin af MLVA amplificeres hvert målrettet VNTR-locus ved PCR med flankerende region-specifikke primere. Derefter størrelsessepareres de opnåede fragmenter ved elektroforese på en kapillarsekvenser. Genotypebestemmelsen af hvert locus og resultater kompileret fra hver prøve gør det muligt at karakterisere en mikroorganisme, hvis art er kendt. Det gør det også muligt at identificere underarten gennem alleltypning og sammenligning med MLVA-databaserne.
Figur 01: MLVA
Denne MLVA-metode er mere selektiv end MLST-metoden. Endvidere kræver MLVA-metoden ikke et DNA-sekventeringstrin. Det gør det således muligt at differentiere tætte underarter eller klonale arter.
Hvad er MLST?
Multilocus-sekvenstypebestemmelse (MLST) er en teknik, der bruger polymorfi af DNA-sekvenser af interne fragmenter af flere husholdningsgener til at karakterisere mikrobielle arter. MLST er en teknik i genetisk analyse til typebestemmelse af multiple loci.
Figur 02: MLST
Det er en type sekventeringstypning, der bruges som referenceteknik til at skelne mellem forskellige stammer af mikrobielle arter. Denne metode er baseret på husholdningsgener sekventering. Husholdningsgenerne koder norm alt for essentielle proteiner fra mikrobielle midler, såsom en bakterie. Disse sekvenser af husholdningsgener har det særlige ved at præsentere en stabil polymorfi over tid. Derfor er forskellene i sekvenser af husholdningsgener tilstrækkelige nok til at skelne stammer fra hinanden. Desuden var den første MLST-ordning, der blev udviklet, Neisseria meningitidis, det forårsagende middel til meningokok-meningitis og septikæmi. Siden introduktionen er MLST blevet brugt ikke kun til humane patogener, men også til plantepatogener.
Hvad er lighederne mellem MLVA og MLST?
- MLVA og MLST er to molekylærbiologiske teknikker, der bruges til mikrobiel typning.
- Begge teknikker kan bruges til mikrobiel fylogenetisk analyse.
- Begge teknikker er baseret på genetisk polymorfi.
- De kan bruges til påvisning af menneskelige sygdomme, der forårsager mikrobielle patogener.
- Begge teknikker bør udføres af dygtige molekylærbiologer.
Hvad er forskellen mellem MLVA og MLST?
MLVA er en teknik, der bruger polymorfi af tandem gentagne DNA-sekvenser til at karakterisere mikrobielle arter. I mellemtiden er MLST en teknik, der bruger polymorfi af DNA-sekvenser af interne fragmenter af flere husholdningsgener til at karakterisere mikrobielle arter. Dette er således den vigtigste forskel mellem MLVA og MLST. Desuden er MLVA-metoden mere selektiv end MLST-metoden.
Nedenstående infografik præsenterer forskellene mellem MLVA og MLST i tabelform til sammenligning side om side.
Oversigt – MLVA vs MLST
MLVA og MLST er to molekylærbiologiske teknikker, der bruges til mikrobiel typning. MLVA bruger polymorfi af tandem-gentagne DNA-sekvenser til at karakterisere mikrobielle arter, mens MLST bruger polymorfi af DNA-sekvenser af interne fragmenter af flere husholdningsgener til at karakterisere mikrobielle arter. Så dette er den vigtigste forskel mellem MLVA og MLST.
