Nøgleforskellen mellem ITS1 og ITS2 er, at ITS1 er et spacer-DNA placeret mellem 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, mens ITS2 er et spacer-DNA placeret mellem 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter.
Internt transskriberet spacer (ITS) er spacer-DNA'et, der sædvanligvis er placeret mellem små ribosomale RNA-underenheder og store ribosomale RNA-gener i kromosomet eller i den tilsvarende transskriberede region i det polycistroniske rRNA-precursor-transkriptmolekyle. I bakterier og archaea er der kun et enkelt ITS mellem 16S og 23S rRNA-gener. Men i eukaryoter er der to ITS spacer DNA: ITS1 (mellem 18S og 5.8S rRNA gener) og ITS2 (mellem 5.8S og 28S rRNA). Derfor er ITS1 og ITS2 to spacer-DNA fundet mellem rRNA-gener i eukaryoter.
Hvad er ITS1?
ITS1 er et spacer-DNA placeret mellem 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter. ITS refererer til et stykke ikke-funktionelt spacer-DNA placeret mellem rRNA-gener. ITS1 har en større længdevariation end ITS2. Længdevariationen af ITS1 er ca. (200-300bp). ITS-markører såsom ITS1 har bevist deres effektivitet til at belyse fylogenetiske forhold mellem forskellige taxa. Desuden er ITS1 spacer DNA mindre konserveret end ITS2 spacer DNA. ITS1-strukturer er kun bevaret i meget mindre taksonomiske enheder. Hver eukaryot ribosomklynge indeholder også områder kaldet eksterne transskriberede spacere (5' og 3' ETS).
Figur 01: ITS1-region
ITS1 spacer-DNA'et er meget tæt på den 5'eksterne transskriberede spacer (5' ETS). Desuden, hvis nogen ønsker at amplificere ITS1-regionen til fylogenetiske forholdsundersøgelser, skal de bruge et specifikt primerpar (omvendte og fremadrettede primere) til dette formål. For at amplificere ITS1-regionen bruges der norm alt to primersæt i laboratoriernes PCR-protokoller. De er ITS1 frem og ITS2 baglæns eller ITS1 frem og ITS4 baglæns.
Hvad er ITS2?
ITS2 er et spacer-DNA placeret mellem 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter. ITS2-regionen har en kortere længdevariation end ITS1-regionen. Længdevariationen af ITS2 er ca. (180-240bp). Imidlertid er ITS2-regionen mere konserveret end ITS1-regionen i mange taksonomiske enheder. Det identificerer, at alle ITS2-sekvenser deler en fælles kerne af den sekundære struktur. Desuden er 40% ITS2-region konserveret blandt alle angiospermer, mens det er muligt at tilpasse 50% af ITS2-regionen på tværs af familie og højere niveauer.
Figur 02: ITS2-region
Uanset omfanget af bevaring, er brugen af ITS2-regionen også meget populær, såsom ITS1-regionen i fylogenetiske forholdsstudier, især i svampe-DNA-stregkodning. For at amplificere ITS2-regionen bruges et specifikt primersæt generelt i laboratoriers PCR-protokoller. Det er ITS1 fremad og ITS4 omvendt. Men når PCR-protokollen bruger dette primersæt, forstærker den også ITS1-regionen sammen med ITS2-regionen. Yderligere er ITS2 spacer-DNA'et meget tæt på den 3'eksterne transskriberede spacer (3' ETS).
Ligheder mellem ITS1 og ITS2
- ITS1 og ITS2 er to spacer-DNA placeret mellem rRNA-gener.
- De findes kun i eukaryoter.
- Begge kan amplificeres ved at bruge specifikke primerpar.
- De udskæres begge i rRNA-modning som ikke-funktionelle biprodukter.
- Begge er meget vigtige for fylogenetiske forholdsstudier, især i svampe-DNA-stregkodning.
Forskellen mellem ITS1 og ITS2
ITS1 er et spacer-DNA til stede mellem 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, mens ITS2 er et spacer-DNA placeret mellem 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter. Så dette er den vigtigste forskel mellem ITS1 og ITS2. Desuden har ITS1 større længdevariation sammenlignet med ITS2. På den anden side har ITS2 en kortere længdevariation sammenlignet med ITS1. Dette er endnu en forskel mellem ITS1 og ITS2.
Nedenstående infografik viser forskellene mellem ITS1 og ITS2 i tabelform til sammenligning side om side.
Oversigt – ITS1 vs. ITS2
Internal transscribed region (ITS) er et ikke-funktionelt stykke spacer-DNA placeret mellem rRNA-gener. I bakterier og archaea er der kun en enkelt ITS-region. Men i eukaryoter er der to ITS-regioner: ITS1 og ITS2. ITS1 er et spacer-DNA, der er placeret mellem 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, mens ITS2 er et spacer-DNA, der er placeret mellem 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter. Dette er således opsummeringen af forskellen mellem ITS1 og ITS2.
