Nøgleforskel – fremadgående vs omvendt primer
Polymerase-kædereaktion (PCR) er en DNA-amplifikationsmetode, der bruges i molekylærbiologiske applikationer. Det er en almindeligt brugt teknik, der laver millioner til milliarder af kopier af en særligt interesseret DNA-sekvens. Det er en in vitro-metode, der udføres i laboratorier. PCR-teknikken er fuldstændig afhængig af den kommercielt fremstillede DNA-polymerase kaldet Taq-polymerase. Og det kræver også flere andre komponenter og korrekt temperaturvedligeholdelse. En vigtig komponent er primere. Primere er de korte DNA-sekvenser, der er specifikt designet til mål-DNA-sekvensen. De er norm alt omkring 20 nukleotider lange. Taq-polymerase katalyserer tilføjelsen af nukleotider til allerede eksisterende nukleotidsekvens. Derfor tjener primere som udgangspunkt for syntesen af nye strenge. Taq-polymerase virker kun i 5' til 3' retning, og DNA-syntesen sker derfor i den samme 5' til 3' retning. Da DNA er dobbeltstrenget, er to typer primere nødvendige i PCR. De er kendt som forward primer og reverse primer. Forward og reverse primere betegnes baseret på retningen af forlængelsen af primeren i DNA, når DNA-syntese finder sted. Forward primer annealer med antisense DNA-strengen og initierer syntesen af +ve streng af genet i 5' til 3' retning. Omvendt primer annealer med sense-strengen og initierer syntesen af den kodende strengs komplementære streng; som er -ve genets streng i 5' til 3' retning. Dette er den vigtigste forskel mellem fremadgående og omvendte primere.
Hvad er en Forward Primer?
Fremadorientering er syntesen af den kodende streng eller sensestrengen af et gen. Taq polymerase katalyserer syntesen af en ny streng i 5' til 3' retning. Syntesen af kodende streng sker, når primeren annealer med den ikke-kodende eller antisense streng og forlænges i 5' til 3' retning.
Figur 01: Frem- og tilbageprimere
Primeren, der annealer med antisense-strengen eller den ikke-kodende streng eller template-strengen, er kendt som forward primer, da forward primer fungerer som et udgangspunkt for syntesen af kodning eller den positive streng af genet. Forward primer har en kort nukleotidsekvens, der er komplementær til den 3' flankerende ende af antisense strengen. Det hybridiserer med antisense-strengen og letter Taq-polymerasen med at tilføje nukleotider, der er komplementære til skabelonstrengen.
Hvad er en Reverse Primer?
Omvendt primer er den korte DNA-sekvens, der annealer med 3'-enden af sense-strengen eller den kodende streng. Omvendt primer tjener som udgangspunkt for at syntetisere en komplementær streng af den kodende sekvens eller den ikke-kodende sekvens. Omvendt primer er designet komplementært til 3'-enden af den kodende streng. Derfor annealer den med den flankerende 3'-ende af den kodende streng og tillader Taq-polymerase at syntetisere antisense-strengen eller skabelonstrengen. Da dens orientering er omvendt, er denne primer mærket som omvendt primer.
Både omvendte og fremadgående primere er vigtige for produktionen af millioner til milliarder af kopier af bestemte områder af DNA, som er målrettet eller interesseret.
Hvad er lighederne mellem Forward og Reverse Primer?
- Både Forward- og Reverse-primere er lavet af oligonukleotider.
- Både fremadgående og omvendte primere har kort nukleotidsekvens komplementær til de flankerende ender af DNA-dobbeltstrengene.
- Både Forward- og Reverse-primere består norm alt af 20 nukleotider.
- Både fremadgående og omvendte primere bruges i polymerasekædereaktioner.
- Både fremadgående og omvendte primere syntetiseres kommercielt.
- Både frem- og tilbage-primere er temperaturstabile, og de har norm alt ens Tm.
- Både fremadgående og omvendte primere anneales med mål-DNA-sekvenserne.
- Både fremadgående og omvendte primere er designet i overensstemmelse med PCR-reaktionerne.
- Både fremadgående og omvendte primere bruges som udgangspunkt for DNA-amplifikationen.
- Både omvendte og fremadgående primere er vigtige for produktionen af millioner kopier af bestemte områder af målrettede eller interesserede DNA-sekvenser.
Hvad er forskellen mellem Forward og Reverse Primer?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Forward primer er den korte DNA-sekvens, der hybridiserer med 3'-enden af den ikke-kodende eller skabelonstrengen af genet og tjener som udgangspunkt for at syntetisere den kodende sekvens. | Omvendt primer er den korte DNA-sekvens, der hybridiserer med 3'-enden af den kodende eller den ikke-template-streng og tjener som udgangspunkt for at syntetisere den ikke-kodende sekvens. |
| Annealing Strand | |
| Forlæns primerudglødning med skabelonstreng. | Omvendt primer udglødning med den ikke-skabelonstreng. |
| Resulterende ny sekvens | |
| Forward primer letter syntesen af den kodende sekvens. | Omvendt primer letter syntesen af den ikke-kodende sekvens. |
Opsummering – Forlæns vs omvendt primer
Der er to typer primere involveret i PCR-teknik. De er frem og tilbage primere. Baseret på forlængelsen af primeren i ny DNA-strengsyntese er disse primere mærket eller navngivet. Taq polymerase syntetiserer det nye DNA i 5' til 3' orientering. Derfor er primere designet som komplementære til 3'-ender af dobbeltstrengene. Fremadgående primer, som forlænges i 5' til 3' retning, hybridiserer med 3'-enden af antisensen eller skabelonen eller den ikke-kodende sekvens. Det tjener som udgangspunkt for at syntetisere kodende sekvens. Omvendt primer, som forlænges i 5' til 3' retning, hybridiserer med 3'-enden af kodningen eller nontemplate eller sense-strengen. Det tjener som udgangspunkt for at syntetisere den ikke-kodende sekvens. Dette er forskellen mellem fremadgående og tilbagegående primer.
