Nøgleforskellen mellem polysomprofilering og ribosomprofilering er, at polysomprofilering analyserer ribosomadfærd ved hjælp af både ribosom og mRNA (polysom) under translation, mens ribosomprofilering kun analyserer ribosomadfærd ved hjælp af mRNA-sekvensen under translation.
Translation er den anden fase af proteinsyntese, der konverterer informationen i mRNA'et til en aminosyresekvens. Translatomics er en undersøgelse af ORF'er (åbne læserammer), der aktivt oversættes i en celle i en organisme. Polysom- og ribosomprofileringsteknikker er to typer teknikker inden for molekylærbiologi til at vurdere og udlede forskellige parametre i forbindelse med analyse af translatomet.
Hvad er polysomprofilering?
Polysomprofilering er en teknik, der udleder status for translation af et specifikt mRNA ved at analysere adfærden af både ribosom og mRNA (polysom). Med andre ord giver denne teknik data og konklusioner om associationen af mRNA'er med ribosomer. Polysomet refererer til gruppen af ribosomer bundet til et mRNA, der er til stede under forlængelsesfasen af translationen.
Figur 01: Polysomprofilering
Polysomprofilering kræver cellelysatet, som derefter centrifugeres. Den centrifugerede prøve separeres derefter baseret på deres tætheder for at karakterisere de små og store underenheder af ribosomerne og det tilsvarende mRNA involveret i dannelsen af polysomet. Desuden involverer processen også måling af optisk tæthed. Der kræves eksperter til at udføre polysomprofilering.
Polysom profileringsteknik er et vigtigt værktøj til mange applikationer. Forskere bruger denne teknik til at studere graden af translation i celler. Mere specifikt er det et værktøj til at give nøjagtige oplysninger om studiet af individuelle proteiner og deres specifikke mRNA'er. I forbindelse med at studere graden af translation af et bestemt mRNA, er polysomprofileringsteknikken afgørende. Her kan 3'- og 5'-sekvenserne af et mRNA undersøges med henvisning til deres virkninger på mængden af produceret mRNA og niveauet af translation.
Hvad er Ribosome Profiling?
Ribosomprofilering er en teknik, der analyserer ribosomets adfærd med hensyn til dets mRNA under translation. Denne teknik blev fundet og udviklet af Joan Steitz og Marilyn Kozak. Senere blev denne teknologi videreudviklet af to videnskabsmænd, Nicholas og Jonathan, i kombination med næste generations sekventering, hvilket førte til udviklingen af forskellige relaterede teknikker såsom Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) metodologi.
Figur 02: Ribosomsekvensering
Proceduren med ribosomprofilering involverer isolering af mRNA, fjernelse af RNA, der ikke er bundet til ribosomer, og adskillelse af mRNA bundet til ribosomer. Efter denne procedure bliver mRNA-isolatet omvendt transskriberet, og cDNA-syntese finder sted. Endelig kan sekvensdata justeres med translationsprofilen for at udlede karakteristikaene af ribosomadfærden med hensyn til mRNA'et.
Ribosomprofilering hjælper mange forskere med at identificere og udlede placeringen af startsteder for translation, komplementet af translaterede åbne læserammer (ORF'er) i en celle eller et væv, fordelingen af ribosomer på mRNA og hastigheden af oversætte ribosomer. Ribosomprofilering er også kendt som ribosomfootprinting eller Ribo Seq.
Hvad er lighederne mellem polysomprofilering og ribosomprofilering?
- Polysom- og ribosomprofilering er molekylærbiologiske teknikker, der er vigtige i forskning.
- De giver oplysninger om oversættelsesprocessen.
- Begge profileringsprocesser giver data gennem analyse af oversættelsen.
- Professionelle eksperter er nødvendige for at udføre begge teknikker for at opnå nøjagtige resultater.
- Bioinformatikværktøjer spiller en vigtig rolle i begge teknikker.
Hvad er forskellen mellem polysomprofilering og ribosomprofilering?
Polysomprofilering analyserer ribosomadfærden ved hjælp af både ribosom og mRNA (polysom) under translation, mens ribosomprofilering kun analyserer ribosomadfærden ved hjælp af mRNA-sekvensen under translation. Dette er således den vigtigste forskel mellem polysomprofilering og ribosomprofilering. Desuden involverer polysomprofilering teknikker som tæthedsgradientcentrifugering og optiske tæthedsmålinger, mens ribosomprofilering involverer mRNA-ekstraktion og sekventeringsteknikker. Ribosomprofilering er også mere nøjagtig end polysomprofilering.
Nedenstående infografik præsenterer forskellene mellem polysom- og ribosomprofilering i tabelform til sammenligning side om side.
Opsummering – Polysomprofilering vs Ribosomprofilering
Translation er den anden fase af proteinsyntese, der involverer konvertering af informationen om mRNA-sekvensen til en aminosyresekvens. Denne proces kræver en mRNA-skabelon, ribosomer, aminosyrer, tRNA og andre faktorer. Polysom- og ribosomprofilering er to molekylære teknikker. Polysomprofilering analyserer ribosomadfærden ved hjælp af både ribosom og mRNA (polysom) under translation, mens ribosomprofilering kun analyserer ribosomadfærden ved hjælp af mRNA-sekvensen under translation. Polysomprofilering involverer teknikker som tæthedsgradientcentrifugering og optiske tæthedsmålinger. Ribosomprofilering involverer teknikker som mRNA-ekstraktion, cDNA-syntese og sekventering. Så dette opsummerer forskellen mellem polysomprofilering og ribosomprofilering.
