Nøgleforskel – Stacking Gel vs Separating Gel
Begreberne stacking gel og separation gel bruges til at forklare SDS-PAGE-teknikken. SDS-PAGE eller natriumdodecylsulfat-polyacrylamidgelelektroforese er en laboratorieteknik, der bruges til at adskille proteinmolekyler baseret på deres molekylvægte. Teorien bag teknikken er, at proteiner med forskellig molekylvægt viser forskellige migrationshastigheder; molekyler med lav molekylvægt migrerer hurtigere, mens højmolekylære molekyler migrerer langsomt. Mediet til migrering er en gel. Der er to typer geler navngivet som stablegel og separationsgel. Den vigtigste forskel mellem stablegel og separationsgel er, at pH-værdien af stablegelen er 6,8, mens pH-værdien af separationsgelen er 8,8.
Hvad er Stacking Gel?
Stacking gel er en lavkoncentreret polyacrylamidgel, der placeres på toppen af mere koncentreret opløsningsgel (separerende gel) i SDS-PAGE-teknik. Stablegelen bruges til at forbedre opløsningen af elektroforese. Opløsningen øges på grund af forskellen mellem koncentrationer af stablegel og opløsningsgel, der påvirker proteinerne i prøven. Da koncentrationen af polyacrylamid i stablegelen er lav, er porestørrelsen højere. Dette hjælper også med at øge adskillelsen.
Stablegelen er en løs polyakrylamidgel med store porer på omkring 7 % polyakrylamid. Disse porer fungerer ikke som en væsentlig barriere for store proteinmolekyler. Derfor påvirker denne gel en smule mobiliteten af disse proteiner. Dette gør adskillelse i henhold til mobiliteten og størrelsen af protein ved at koncentrere dem mellem to geler.
Figur 01: SDS-PAGE Acrylamid Gel
Stablegelens pH er 6,8. Dens pH er sur end den for opløsende gel med 2 pH-enheder. Denne pH indebærer en lavere ionstyrke og dermed en højere elektrisk modstand. Dette fremkalder mobiliteten af proteiner end andre ladede partikler til stede i gelen.
Hvad er Separating Gel?
Separerende gel eller opløsningsgel af en SDS-PAGE-teknik er en højkoncentreret polyakrylamidgel, der placeres på toppen af lavkoncentreret stablegel. Skillegelen indeholder en høj mængde polyacrylamid (10%). pH-værdien af denne gel bibeholdes på pH=8,8, hvilket er et højere pH-niveau end det for stablegelen.
Figur 02: Et gelelektroforeseapparat
Når proteinmolekylerne når separeringsgelen, bremses migrationen af disse molekyler, fordi den separerende gel er en højkoncentrationsgel med en lille porestørrelse, der kan fungere som en betydelig barriere for proteinmolekylernes bevægelse. Denne opbremsning gør det muligt for de andre proteiner at migrere langsomt for at indhente det, hvilket resulterer i et sm alt, koncentreret bånd mellem de to geler.
Hvad er forholdet mellem Stacking Gel og Separating Gel?
Både Stacking Gel- og Separing Gel-typer bruges i det samme apparat
Hvad er forskellen mellem Stacking Gel og Separating Gel?
Stacking Gel vs Separating Gel |
|
| Stacking gel er en lavkoncentreret polyakrylamidgel, der placeres på toppen af mere koncentreret opløsningsgel (separerende gel) i SDS-PAGE-teknik. | Separerende gel eller opløsningsgel af en SDS-PAGE-teknik er en højkoncentreret polyacrylamidgel, der placeres på toppen af en lavkoncentreret stablegel. |
| Placering | |
| Stablingsgelen placeres på den opløsende (separerende) gel. | Separerende gel placeres i bunden af beholderen, der bruges til gelelektroforese. |
| Koncentration | |
| Koncentrationen af stablingsgel er høj. | Koncentrationen af separationsgelen er lav. |
| Polyakrylamidindhold | |
| Stable gel indeholder omkring 7 % polyakrylamid. | Separerende gel indeholder omkring 10 % polyakrylamid. |
| pH | |
| Stablegelens pH er 6,8. | pH-værdien af den adskillende gel er 8,8. |
| porestørrelse | |
| Store porestørrelser er til stede i stablingsgel. | Små porestørrelser er til stede i adskillende gel. |
| Opløsning | |
| Stable gel giver bedre opløsning. | Separerende gel giver en dårlig opløsning. |
Opsummering – Stacking Gel vs Separating Gel
Stablingsgel og separationsgel er to typer polyakrylamidgeler, der bruges til at få bedre adskillelse af proteinmolekyler i en given prøve. Forskellen mellem stablegel og separationsgel er, at stablegelens pH er 6,8, hvorimod skillegelens pH er 8,8.
