Nøgleforskellen mellem LTR og ikke-LTR retrotransposoner er, at LTR retrotransposoner er en type retrotransposoner, der har lange terminale gentagelser i deres struktur, mens ikke-LTR retrotransposoner er en type retrotransposoner, der ikke har lange terminale gentagelser i deres struktur.
Retrotransposoner (klasse I transposerbare elementer eller transposoner via RNA-mellemprodukter) er en type genetisk komponent, der kan kopiere og indsætte sig selv på forskellige genomiske steder. De udfører dette ved at omdanne RNA tilbage til DNA gennem en proces kaldet omvendt transkription ved hjælp af et RNA-transpositionsmellemprodukt. Der er to hovedtyper af retrotransposoner som LTR og ikke-LTR retrotransposoner
Hvad er LTR-retrotransposoner?
LTR retrotransposoner er en type retrotransposoner, der har lange terminale gentagelser i deres struktur. Lange strenge af gentagne DNA kan findes i hver ende af en LTR retrotransposon. Disse er kendt som lange terminale gentagelser (LTR). Hver LTR er et par hundrede basepar lang. LTR retrotransposoner er norm alt over 5 kilobaser lange. Desuden er der mellem de lange terminale gentagelser gener, der kan transskriberes svarende til retrovirusgener gag og pol. Disse gener overlapper hinanden, så de koder for en protease, der norm alt behandler det resulterende transkript til funktionelle genprodukter.
Figur 01: LTR Retrotransposons
Gag-genet fra retrotransposoner laver et produkt, der associeres med andre retrotransposontransskriptioner og danner viruslignende partikler. Pol-genet fremstiller produkter, der inkluderer enzymer såsom revers transkriptase, integrase og ribonuklease H-domæner. Revers transkriptase-enzymet udfører omvendt transkription af retrotransposon-DNA. Integrase-enzym integrerer retrotransposon-DNA i eukaryotisk genom-DNA. Ribonuklease H-domæner er nyttige til sp altning af phosphodiesterbindinger mellem RNA-mellemprodukter. LTR-retrotransposoner koder også for transkripter med tRNA-bindingssteder, så de ret nemt kan gennemgå omvendt transkription. Da retrotransposonet desuden indeholder information om eukaryot genom, kan det indsætte kopier af sig selv på andre genomiske steder i en eukaryot celle.
Hvad er ikke-LTR-retrotransposoner?
Ikke-LTR retrotransposoner er en type retrotransposoner, der ikke har lange terminale gentagelser i deres struktur. Ligesom LTR-retrotransposoner indeholder ikke-LTR-retrotransposoner også gener for revers transkriptase, RNA-bindende protein, nuklease og nogle gange ribonuklease H-domæner. Men de mangler de lange terminale gentagelser; i stedet har de korte gentagelser, der kan have en omvendt rækkefølge af baser ved siden af hinanden. De RNA-bindende proteiner binder til RNA-transpositionsmellemproduktet, og nukleaser bryder phosphodiesterbindinger mellem nukleotider i nukleinsyrer.
Figur 02: LTR og ikke-LTR retrotransposoner
Selv om de er retrotransposoner, kan de ikke udføre revers transkription ved hjælp af et RNA-mellemprodukt på samme måde som LTR-retrotransposoner. Dette skyldes, at ikke-LTR-retrotransposoner ikke indeholder sekvenser, der binder tRNA. Derfor virker en ikke-LTR retrotransposon transskriberet til mRNA og oversat til proteiner som revers transkriptase. Revers transkriptase laver en DNA-kopi af ikke-LTR-retrotransposonens RNA, der kan integreres i genomet på et nyt sted. Ydermere falder ikke-LTR retrotransposoner i to typer: LINE'er (lange interspersed nukleare elementer) og SINE'er (kort interspersed nukleare elementer).
Hvad er lighederne mellem LTR og ikke-LTR retrotransposoner?
- LTR og ikke-LTR retrotransposoner er de to hovedtyper af retrotransposoner.
- Begge typer indeholder gener for enzymer såsom revers transkriptase, RNA-bindende protein, nuklease og ribonuklease H-domæner.
- De kan findes i det menneskelige genom.
- Begge typer er evolutionært vigtige.
Hvad er forskellen mellem LTR og ikke-LTR retrotransposoner?
LTR retrotransposoner har lange terminale gentagelser i deres struktur, mens ikke-LTR retrotransposoner mangler lange terminale gentagelser i deres struktur. Dette er således den vigtigste forskel mellem LTR og ikke-LTR retrotransposoner. Ydermere har LTR retrotransposoner lange direkte gentagelser, der kun er en sekvens af baser, der gentager sig selv. På den anden side har ikke-LTR retrotransposoner korte gentagelser, der kan have en omvendt rækkefølge af baser ved siden af hinanden.
Nedenstående infografik præsenterer forskellene mellem LTR og ikke-LTR retrotransposoner i tabelform til sammenligning side om side.
Oversigt – LTR vs ikke-LTR retrotransposoner
LTR og ikke-LTR retrotransposoner er de to hovedtyper af retrotransposoner. LTR retrotransposoner har lange terminale gentagelser i deres struktur, mens ikke-LTR retrotransposoner ikke har lange terminale gentagelser i deres struktur. Så dette er den vigtigste forskel mellem LTR og ikke-LTR retrotransposoner.
