Nøgleforskellen mellem linker og adapter er, at en linker ikke har sammenhængende ender, mens en adapter har en sammenhængende ende.
DNA-ligering er processen med at forbinde to DNA-molekyler sammen og danne phosphodiesterbindinger. Enzymet kaldet DNA-ligase katalyserer denne reaktion. Det er et af de kritiske trin inden for moderne molekylærbiologiske områder som rekombinant DNA-teknologi og DNA-kloning. Ligeringseffektiviteten afhænger af enderne af DNA-molekyler, der skal ligeres. Der er to typer DNA-ender som klæbrige ender og stumpe ender. Ligeringseffektiviteten er høj med klæbrige ender end med stumpe ender. Hvis mål-DNA-molekylerne har stumpe ender, vil molekyler kaldet adaptere eller linkere være nyttige. Adaptere og linkere er kemisk syntetiserede oligonukleotidmolekyler, der hjælper med DNA-ligering. De har også interne restriktionssteder. Adapteren har en klæbrig ende og en stump ende, mens linker har to stumpe ender.
Hvad er en Linker?
Linker er en kemisk syntetiseret oligonukleotidsekvens, der er dobbeltstrenget. Linkeren har to stumpe ender. Linker bruges til at ligere DNA-molekyler, der har stumpe ender til vektorer. Den indeholder et eller flere interne restriktionssteder. Disse restriktionssteder fungerer som genkendelsessteder for restriktionsenzymer.
Figur 01: Linker
Efter ligering begrænses DNA igen med restriktionsenzymer for at producere kohæsive ender. EcoRI-linkere og sal-I-linkere er almindeligt anvendte linkere.
Hvad er en adapter?
En adapter er en dobbeltstrenget oligonukleotidsekvens, der bruges til at binde to DNA-molekyler sammen. Det er en kort sekvens med en stump ende og en klistret eller sammenhængende ende. Derfor består den af en enkeltstrenget hale i den ene ende, hvilket øger effektiviteten af DNA-ligering.
Figur 02: DNA-ligering med en adapter
Derudover har adapteren interne begrænsningssteder. Derfor kan DNA efter ligering begrænses med passende restriktionsenzymer for at skabe en ny fremspringende ende. En ulempe ved adaptere er, at to adaptere kan danne lysdæmpere ved baseparring med sig selv. Dette kan undgås ved at behandle dem med enzymet kaldet alkalisk fosfatase.
Hvad er lighederne mellem Linker og Adaptor?
- Både linker og adapter er dobbeltstrengede korte oligonukleotidsekvenser.
- De har interne restriktioner.
- Desuden er de kemisk syntetiserede DNA-molekyler og er syntetiske molekyler.
- De kan binde to DNA-molekyler sammen.
- Efter ligering af linkere og adaptorer er DNA'et igen begrænset med restriktionsenzymer for at producere klæbrige ender.
Hvad er forskellen mellem Linker og Adaptor?
En linker er en kemisk syntetiseret kort oligonukleotid-dupleks med to stumpe ender. En adapter er en kemisk syntetiseret kort oligonukleotid-dupleks med en klæbrig ende og en stump ende. Dette er således den vigtigste forskel mellem linker og adapter. Desuden kan adaptere danne dimerer, mens linkere ikke danner dimerer. Så dette er endnu en væsentlig forskel mellem linker og adapter.
Nedenfor er en oversigt over forskellene mellem linker og adapter i tabelform.
Oversigt – Linker vs Adaptor
Linker og adapter er to typer kemisk syntetiserede oligonukleotider, der er nyttige til ligering af stumpende DNA. Linkeren har to stumpe ender, mens adapteren har en stump ende og en sammenhængende ende. Så dette er den vigtigste forskel mellem linker og adapter. De er dobbeltstrengede molekyler, der har interne restriktionssteder. De er meget brugt i rekombinant DNA-teknologi og DNA-kloning.
