Nøgleforskellen mellem saccharosegradient og saccharosepudeultracentrifugering er, at ved saccharosegradientultracentrifugering anvendes en kontinuerlig saccharosegradient, mens der ved saccharosepudeultracentrifugering anvendes en diskontinuerlig saccharosegradient.
Saccharosegradient og saccharosepude-ultracentrifugering er to lignende typer teknikker, der bruges til at adskille specifikke typer makromolekyler. I begge teknikker anvendes en saccharosedensitetsgradient. Men i saccharosegradient-ultracentrifugering anvendes en kontinuerlig densitetsgradient, mens der ved saccharosepude-ultracentrifugering anvendes en diskontinuerlig densitetsgradient.
Hvad er saccharosegradientultracentrifugering?
Saccharosegradient-ultracentrifugering er en teknik, der kan bruges til at fraktionere makromolekyler såsom DNA, RNA og proteiner. Der er flere trin i denne teknik. De er saccharosegradientpræparation, centrifugering, separation og eluering. Gradientforberedelse er nøgletrinet i denne teknik. I denne teknik er prøven, der indeholder makromolekyler af forskellig størrelse, lagdelt på overfladen af en saccharosegradientsøjle. Ved centrifugering sedimenterer makromolekyler af forskellig størrelse gennem saccharosegradientkolonnen med forskellige hastigheder. Sedimentation afhænger af flere faktorer, herunder centrifugeringskraften, størrelsesformen og tætheden af makromolekyler, densitet og viskositet af gradienten. Ved afslutningen af centrifugeringen adskilles makromolekyler rumligt ved densitet. Større makromolekyler (højdensitet makromolekyler) sedimenterer mod bunden. De lettere (lavdensitet makromolekyler) forbliver i toppen af gradienten. Derfor adskilles molekylerne som forskellige bånd. Derefter skal båndene adskilles, og oprensningen af det specifikke makromolekyle fra saccharose skal udføres.
Figur 01: Saccharosegradientultracentrifugering
På anvendelsessiden er denne metode i vid udstrækning brugt til fraktionering af DNA-molekyler. Saccharosegradient-ultracentrifugering bruges almindeligvis til at karakterisere proteinkompleksets størrelse og sammensætning. Desuden bruges denne teknik til den delvise oprensning af mRNA.
Hvad er saccharosepude-ultracentrifugering?
Saccharosepude-ultracentrifugering er en anden teknik, der muliggør fraktionering af makromolekyler. I modsætning til ultracentrifugering af saccharosedensitetsgradient bruger saccharosepude-ultracentrifugering en diskontinuerlig densitetsgradient. Saccharosekoncentrationen stiger fra top til bund i diskrete trin. I denne teknik opnås adskillelse ved at placere det klarede ekstrakt oven på et lille volumen af en saccharoseopløsning i et centrifugerør, den såkaldte saccharosepude. Dette muliggør bedre adskillelse ved højhastighedscentrifugering. Når molekylerne adskilles som et bånd mellem saccharosepuden, kan det hvide bånd opsamles og renses. Desuden kan urenheder fjernes yderligere ved hjælp af saccharosepudemetoden. Saccharosepudemetoden gør det muligt at fylde 60-70% af røret med prøven. Derfor gør saccharosepudemetoden det muligt at behandle en større mængde prøve.
Hvad er lighederne mellem saccharosegradient og saccharosepude-ultracentrifugering?
- Saccharosegradient og saccharosepude-ultracentrifugering er to teknikker, der bruges til at adskille en blanding af makromolekyler.
- I begge metoder anvendes en saccharosegradient.
- Centrifugering er et trin i begge metoder.
- Molekylerne sedimenterer som et bånd eller zone i hver metode.
Hvad er forskellen mellem saccharosegradient og saccharosepude-ultracentrifugering?
Saccharosegradientultracentrifugering er en teknik, der bruger en kontinuerlig saccharosegradient i centrifugerøret, mens saccharosepudeultracentrifugering er en teknik, der bruger en diskontinuerlig saccharosegradient. Dette er således den vigtigste forskel mellem saccharosegradient og saccharosepude-ultracentrifugering.
Yderligere tillader saccharosepude-ultracentrifugering, at et større volumen af prøven behandles, mens saccharosegradient-ultracentrifugering tillader, at et forholdsvis lavt volumen af prøven behandles.
Infografikken nedenfor viser flere forskelle mellem saccharosegradient og saccharosepude-ultracentrifugering.
Opsummering – Sucrose Gradient vs Sucrose Cushion Ultracentrifugering
Saccharosegradient-ultracentrifugering adskiller makromolekyler ved hjælp af en kontinuerlig saccharosegradient. I modsætning hertil bruger saccharosepude-ultracentrifugering en diskontinuerlig saccharosegradient for at adskille specifik type partikler i en blanding. Så dette er den vigtigste forskel mellem saccharosegradient og saccharosepude-ultracentrifugering. Saccharosepudemetoden tillader opsamling af morfologisk intakte partikler, da den ikke forårsager mekanisk stress, i modsætning til saccharosegradient-ultracentrifugering, som knuser molekyler til bunden af røret. Desuden tillader saccharosepude-ultracentrifugering, at et større volumen af prøven behandles end saccharosegradient-ultracentrifugeringen.
