Nøgleforskellen mellem DNA- og RNA-prober er, at DNA-prober er fragmenter af DNA, der er komplementære til målnukleotidsekvenser, mens RNA-prober er strækninger af enkeltstrenget RNA, som er komplementære nukleinsyresekvenser af målsekvenser.
En probe er en kunstigt syntetiseret kort sekvens af DNA eller RNA, der kunne mærkes radioaktivt eller med ikke-radioaktive molekyler. Den kan have en længde på 100 til 1000 baser. Prober er nyttige til påvisning af målnukleotidsekvenser, der er komplementære til sekvensen af proben. Når de er tilføjet, bliver prober hybridiseret med de komplementære sekvenser eller målsekvenserne og gør det synligt at identificere målsekvenserne, da det bærer radioaktivitet. Prober er vigtige molekylære værktøjer til i mange mikrobielle og molekylære områder, såsom påvisning af genetiske sygdomme, i virologi, i retsmedicinsk patologi, i faderskabstest, i DNA-fingeraftryk, RFLP, molekylær cytogenetik, in situ hybridisering, osv.
Hvad er DNA-sonder?
DNA-prober er enkeltstrengede DNA-strækninger. De kan anvendes til at påvise tilstedeværelsen af komplementære nukleinsyresekvenser (målsekvenser) ved hybridisering. Når først en DNA-probe er hybridiseret med dens komplementære sekvens, danner den en dobbeltstrenget hybrid. For at påvise dem mærkes DNA-prober generelt med radioisotoper, biotin, epitoper eller fluoroforer. DNA-proberne mærket med biotin kan påvises med streptavidin-mærket alkalisk phosphatase ved en række enzymatiske og kemiske metoder.
Figur 01: DNA-probe
Nukleotidsekvensen af DNA-proben er kendt. De er korte sekvenser med en længde på 100 til 1000 basepar. Lange DNA-prober kan genereres ved rekombinant DNA-teknologi. De kan også genereres ved PCR og kloning. I kliniske mikrobiologiske laboratorier er DNA-sonder let tilgængelige til hurtig diagnosticering af infektionssygdomme.
Hvad er RNA-prober?
RNA-prober er enkeltstrengede RNA-strækninger. De er komplementære sekvenser til målsekvenser i prøven. De syntetiseres almindeligvis med RNA-polymeraserne fra bakteriofager SP6, T7 eller T3 ved in vitro-transkription af DNA. Lange RNA-prober kan genereres ved in vitro-transkription fra lineariseret plasmid-DNA. Generelt binder RNA-prober kraftigt og tættere til deres komplementære sekvenser end DNA-prober. I lighed med DNA-prober kan RNA-prober også mærkes, mens de transskriberes.
Hvad er lighederne mellem DNA- og RNA-prober?
- Både DNA- og RNA-prober er enkeltstrengede nukleotidsekvenser.
- Begge er kunstigt designet og syntetiseret.
- Desuden kan de mærkes med radioisotoper, epitoper, biotin eller fluoroforer.
- De har en stærk affinitet til en specifik DNA- eller RNA-målsekvens.
- De bruges i forskellige blotting og in situ hybridiseringsteknikker til påvisning af målnukleinsyresekvenser.
- Begge typer prober kan hybridiseres med deres komplementære sekvenser.
- De bruges også til identifikation af mikroorganismer og diagnosticering af smitsomme, arvelige og andre sygdomme.
Hvad er forskellen mellem DNA- og RNA-prober?
DNA-probe er en kort DNA-strækning, som er komplementær til målsekvensen. På den anden side er RNA-proben en kort enkeltstrenget strækning af RNA, der er komplementær til målsekvensen. Dette er således den vigtigste forskel mellem DNA- og RNA-prober. Desuden indeholder DNA-prober A, T, C og G, mens RNA-prober indeholder A, U, C og G.
Yderligere er en yderligere forskel mellem DNA- og RNA-prober deres termodynamiske stabilitet. RNA-prober viser større termodynamisk stabilitet sammenlignet med DNA-prober.
Infografikken nedenfor viser de vigtige forskelle mellem DNA- og RNA-prober.
Oversigt – DNA vs RNA-prober
En probe er et lille fragment af DNA eller RNA, der bruges til at påvise tilstedeværelsen af en specifik sekvens i prøven af DNA eller RNA ved molekylær hybridisering. DNA-prober er korte enkeltstrengede DNA-fragmenter, mens RNA-prober er korte enkeltstrengede RNA-sekvenser. De er kendte sekvenser. Termodynamisk stabilitet er større i RNA-prober end DNA-prober. RNA-prober binder tæt til deres komplementære sekvenser, end DNA-prober binder. Dette opsummerer således forskellen mellem DNA- og RNA-prober.
