Nøgleforskellen mellem contig og stillads er, at en contig ikke har huller, mens et stillads består af contigs og huller.
Genomsekventering af flercellede organismer er meget vanskelig sammenlignet med sekventering af encellede organismer. Helgenom-haglgeværsekventering er en nem og hurtig genomsekventeringsteknik til flercellede genomer. Det er en metode, der sekvenserer mange overlappende DNA-fragmenter parallelt. I denne metode samles små fragmenter til større fragmenter og derefter til større contigs ved hjælp af en computer. Derefter samles contigs til stilladser og til sidst til et kromosom. Derfor er contig en kontinuerlig strækning af nukleotidsekvenser, mens stilladset er en del af genomet bestående af contigs og huller. Både contig og scaffold er rekonstruerede genomiske sekvenser.
Hvad er Contig?
Contig er en genomisk sekvens. Det er en kontinuerlig strækning af sekvenser sammensat af A-, C-, G- og T-baser. Det dannes ved at sammensætte flere små overlappende stykker DNA til en længere sekvens. Med enkle ord er contig en samling af et sæt sekvensfragmenter. Contig-oprettelse involverer identifikation af overlappende sekvensfragmenter baseret på lokale strengmatch- og alignmentmetoder, som identificerer overlappende ender af sekvenserne.
Contigs har ikke huller. Det er en del af et stillads. Contigs kædes sammen, når der skabes et stillads. Det kræver yderligere information om den relative position og orientering af contigs i genomet. Hullerne adskiller contigs i et stillads. Grundlæggende er contig-samling et vigtigt trin i hel-genom haglgeværsekventering. Contigs samles til sidst til en komplet genomisk sekvens. Contig-samling kræver typisk forståelse af algoritmer i strengmatchning og sekvensjustering.
Hvad er et stillads?
Et stillads er en rekonstrueret genomisk sekvens fra endesekventerede hel-genom haglgeværkloner. Strukturelt består et stillads af contigs og huller. Derfor skabes stilladser ved at kæde sammenhænge sammen og adskille dem med mellemrum. Oprettelse af stilladser kræver information om den relative position og orientering af contigs i genomet. Helgenom-haglgeværsamling sigter mod at repræsentere hver genomisk sekvens i ét stillads. Men det er ikke helt muligt. Derfor kan ét kromosom være repræsenteret af flere stilladser. Nogle gange kan stilladser overlappe hinanden. Desuden kan nogle stilladser filtreres fra under monteringen.
Figur 02: Oversigt over hele-genom-haglgeværsamling
Længden af et stilladsgab viser ikke dens sande længde. Generelt indstilles mellemrum vilkårligt til bestemte faste længder. Derfor skaber disse huller og usikkerheder i deres længder problemer med at forstå de sande rumlige forhold mellem funktionelle elementer i genomer og det faktiske omfang af manglende information. Nogle gange repræsenterer huller manglende genomisk information.
Hvad er lighederne mellem Contig og stillads?
- Contig og stillads er genomiske sekvenser sammensat af nukleotidsekvenser.
- Stilladser er sammensat af kontiger og huller.
Hvad er forskellen mellem Contig og stillads?
A contig er en kontinuerlig sekvens samlet af et sæt sekvensfragmenter. I modsætning hertil er et stillads en del af den genomiske sekvens, der er rekonstrueret ved at kæde contigs sammen. Så dette er den vigtigste forskel mellem contig og stillads. Desuden har contigs ikke huller, mens contigs i et stillads er adskilt af huller.
Infografikken nedenfor viser flere forskelle mellem contig og stillads.
Oversigt – Contig vs Scaffold
Både contig og stillads er rekonstruerede nukleotidsekvenser i hel-genom-sekventeringsprojekter. Contig er en kontinuerlig strækning af genomisk sekvens indeholdende A-, C-, G- og T-baser uden huller. Stilladset er en genomisk sekvens, der består af contigs og huller. Derfor er de korteste monteringskomponenter contigs, mens stilladserne er samlinger af contigs. Til sidst samles stilladserne til kromosomer i hel-genom-sekventering. Dette opsummerer således forskellen mellem contig og stillads.
