Nøgleforskellen mellem konsensus-PCR og pan-PCR er, at konsensus-PCR altid er rettet mod bevarede regioner, mens Pan-PCR retter sig mod variable regioner for at identificere forskellige stammer af en gruppe
Polymerase-kædereaktion (PCR) er en genamplifikationsteknik, der består af tre hovedtrin som denaturering, annealing og forlængelse. Dette er meget brugt i diagnostik og molekylær identifikation. Konsensus PCR- og Pan PCR-teknikker er baseret på de primer-mål, som hver PCR-type bruger.
Hvad er Consensus PCR?
Konsensus PCR er en PCR-teknik, der retter sig mod en bevaret region for en bestemt art eller slægt. Derfor vælges stærkt konserverede regioner til amplifikation. Gennem denne metode kan organismer identificeres og skelnes ud fra deres konsensus. Denne metode identificerer en konserveret region for en bestemt art. For eksempel forbliver 16s rRNA-regionen af bakterier en konserveret region blandt bakterier. Derfor kræves der kun ét primersæt til amplifikation. I de fleste tilfælde kan en universel primer specifik bruges til den konserverede region.
Figur 01: PCR-teknik
Ved at følge en konsensus PCR-metode kan artskarakterisering og evolutionære sammenhænge udledes. Baseret på amplifikationseffektiviteten af den bestemte prøveorganisme kan organismens konsensus over for gruppen også udledes. Ydermere er det afgørende i fylogenetiske undersøgelser at udføre en konsensus-PCR. Det tillader identifikation af en art og fortolker afvigelsen, som den bestemte organisme viser i form af den fælles forfader.
Hvad er Pan PCR?
A Pan PCR er en multipleksing-tilstand af PCR. I denne teknik amplificeres forskellige stammer ved hjælp af forskellige primer-mål. Målene kan dog være fælles mål for stammegrupperne. I Pan PCR kan der således anvendes mere end to primersæt ad gangen. Det kan foregå i en enkeltrørsreaktionsmetode eller som en flerrørsreaktionsmetode. Pan PCR er mere tidskrævende og mere kompleks sammenlignet med en konsensus PCR. Af denne grund kan fortolkningen af PCR-resultaterne også være mere kompleks i Pan PCR.
Pan PCR's hovedanvendelse er inden for molekylær diagnostik. Det gør det muligt at skelne mellem forskellige stammer af en art ved målamplifikation. Pan PCR er en ideel teknik til at identificere forskellige stammer af en enkelt art, der forårsager en sygdom. I de fleste tilfælde er automatiseringen af Pan PCR-teknikker til forskellige helbredstilstande meget vigtig og er en pålidelig og yderst effektiv teknik.
Hvad er lighederne mellem Consensus PCR og Pan PCR?
- Consensus PCR og Pan PCR er to typer PCR-teknikker.
- Begge procedurer følger den generelle tre-trins procedure – denaturering, annealing og forlængelse.
- De bruger primere, som er målspecifikke.
- Begge reaktioner finder sted i en termisk cykler.
- Disse reaktioner kan automatiseres.
- Begge kan bruges til molekylær diagnostik og identifikation; men nøjagtigheden varierer.
- Disse procedurer kræver validering.
Hvad er forskellen mellem Consensus PCR og Pan PCR?
Både Consensus og Pan PCR følger den samme rutineprocedure. Imidlertid er den vigtigste forskel mellem konsensus PCR og Pan PCR baseret på de primermål, hver procedure anvender. Mens konsensus-PCR altid er rettet mod konserverede regioner, er en Pan-PCR rettet mod variable regioner for at identificere forskellige stammer af en gruppe. På grund af denne forskel varierer primerdesignprotokollerne, antallet af anvendte primersæt og de specifikke applikationer.
Nedenstående infografik opsummerer forskellen mellem Consensus PCR og Pan PCR.
Opsummering – Consensus PCR vs Pan PCR
PCR, introduceret af Mulli, spiller en vigtig revolutionerende rolle i molekylærbiologiske anvendelser. Consensus og Pan PCR er to typer PCR baseret på deres primer-målregioner. Mens konsensus PCR retter sig mod konserverede regioner, retter Pan PCR sig mod variable regioner og spiller en vigtig rolle i stammeidentifikation. På grund af denne grundlæggende forskel mellem konsensus PCR og Pan PCR varierer de specifikke funktioner for hver type PCR også fra fylogenetisk analyse til molekylær karakterisering til molekylær diagnostik.
