Nøgleforskellen mellem synteny og collinearitet er, at synteny er den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i arter, mens collinearity er den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i forskellige arter, der bevarer samme ordre.
Synteny og collinearity er to udtryk, der bruges i flæng i genomik. Begge udtryk beskriver genlokaliseringsmønstrene på kromosomer i forskellige arter. Disse relaterede genarrangementer blandt taxaerne er værdifuld information, når man udleder genernes fælles herkomst. Synteny refererer til den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i arter. Kollinearitet refererer til den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i forskellige arter, der bevarer den samme orden. Derfor er det en form for synteny.
Hvad er Synteny?
Hos forskellige arter er der et sæt gener placeret på det samme kromosom. Og denne fysiske co-lokalisering af gener på det samme kromosom i forskellige arter er kendt som synteny. Også disse gener findes meget tæt på hinanden på et enkelt kromosom. Rækkefølgen af generne er måske ikke nødvendigvis den samme. Men lokaliseringen af gener nær hinanden på det samme kromosom finder sted i synteny. Derfor beskriver synteny hovedsageligt fordelingsmønsteret af gener på et kromosom. Disse mønstre af gen-co-lokalisering indikerer forhold mellem forskellige arter og deres udvikling. Synteny kan dog blive forstyrret på grund af kromosomale omlejringer såsom translokationer, inversion og kromosomfusion osv. duplikationer, tab og ulige homolog rekombination.
Figur 01: Synteny
Det menes, at alle forbundne gener er syntetiske. Det er dog ikke alle syntetiske gener, der nødvendigvis er forbundet. De har fælles kromosomsekvenser. Mennesker har mange syntetiske gener med andre pattedyr. Desuden har mange kornsorter syntetiske gener.
Hvad er kollinearitet?
Kolinearitet er en mere specifik form for synteny, hvor et sæt gener er placeret på det samme kromosom af forskellige arter i samme rækkefølge som i de forfædres arter. Derfor, hvis der er en afvigelse fra kollinearitet, vil det være en mere pålidelig fylogenetisk karakter, da kollinearitet forklarer genernes fælles herkomst.
Figur 02: Kolinearitet
Multiway collinearitetsanalyse giver meget mere pålidelig information om de relaterede arter og deres fylogeni.
Hvad er lighederne mellem Synteny og Collinearity?
- I både synteny og collinearitet er et sæt loci i to forskellige arter placeret på det samme kromosom.
- Disse termer beskriver den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom.
- Kolinearitet er en mere specifik form for synteni.
- Nogle gange bruges begge udtryk i flæng i genomik.
- Hvis to regioner har kolinearitet, er de tydeligvis syntetiske.
- De er nyttige til at udlede fylogeni.
Hvad er forskellen mellem Synteny og Collinearity?
Synteny og collinearity er to udtryk, der bruges i flæng i genomik. Synteny refererer til den fysiske co-lokalisering af et sæt gener i det samme kromosom i forskellige arter. Kollinearitet er en form for synteni, hvor sættet af gener er co-lokaliseret i samme rækkefølge blandt de forskellige arter. Derfor er dette den vigtigste forskel mellem synteny og collinearitet.
Opsummering – Synteny vs Collinearity
Begreberne synteny og collinearity refererer til et sæt gener, der er placeret på det samme kromosom hos forskellige arter. Faktisk er disse gener co-lokaliseret i det samme kromosom i forskellige arter. Synteny beskriver den fysiske co-lokalisering af sæt gener på det samme kromosom i forskellige arter, mens collinearitet er en mere specifik form for synteny, hvor sættet af gener er co-lokaliseret i samme rækkefølge. Dette opsummerer således forskellen mellem synteny og collinearitet.
