Nøgleforskel – VNTR vs STR
DNA-undersøgelser har enorm nytte til at forstå og bestemme fylogenetiske forhold, diagnosticering af genetiske sygdomme og kortlægning af organismers genomer. Adskillige teknikker forbundet med DNA-analyse bruges til identifikation af et bestemt gen eller en DNA-sekvens i en pulje af ukendt DNA. De er kendt som genetiske markører. Genetiske markører bruges i molekylærbiologi til at identificere genetisk variation mellem individer og arter. Variable number tandem repeat (VNTR) og short tandem repeat (STR) er to typer genetiske markører, der viser polymorfi blandt individer. Begge typer er ikke-kodende repetitivt DNA, som er tandemgentagelser. De er arrangeret i en hoved til hale mode i kromosomer. VNTR er en sektion af genomet, hvor kort nukleotidsekvens gentages flere gange. STR er en anden sektion af DNA i genomet, som er organiseret som gentagne enheder bestående af to til tretten nukleotider på hundrede gange. Nøgleforskellen mellem VNTR og STR er antallet af nukleotider i en gentagende sekvens. Gentagende enheder af VNTR består af 10 til 100 nukleotider, mens gentagne enheder af STR består af 2 til 13 nukleotider. VNTR og STR bruges i vid udstrækning i retsmedicinske undersøgelser.
Hvad er VNTR?
En tandem-gentagelse er en kort DNA-sekvens, der gentages fra hoved til hale ved et specifikt kromosom alt locus. Der er ingen anden sekvens eller nukleotid i tandemgentagelsen. Der er flere typer tandemgentagelser i genomet. VNTR er en type tandemgentagelse blandt dem, som har gentagne enheder bestående af 10 til 100 nukleotider. VNTR er en type minisatellit. Disse tandem-gentagelser kan findes i mange kromosomer. De er spredt i det menneskelige genom og er overvejende placeret i de subtelomere områder af kromosomerne.
VNTR'er viser tandem gentaget polymorfi blandt individer. Længden af VNTR i en bestemt placering af kromosomet er meget variabel blandt individer på grund af variationen i antallet af gentagne enheder organiseret i den DNA-sektion. Derfor kan VNTR bruges som et stærkt værktøj til identifikation af individer, og VNTR-analyse bruges på mange områder, herunder genetik, biologiforskning, retsmedicin og DNA-fingeraftryk. VNTR'er var de første genetiske markører, der blev brugt til at kvantificere knoglemarvstransplantation. VNTR'er var også de første polymorfe markører, der blev brugt til DNA-profilering i retsmedicin.
Figur 01: Variation af VNTR'er i seks individer
VNTR-analyse udføres via restriktionsfragmentlængdepolymorfi efterfulgt af sydlig hybridisering. Derfor har den brug for en forholdsvis stor DNA-prøve. VNTR-profilfortolkning er også problematisk. På grund af disse begrænsninger er brugen af VNTR i retsgenetik blevet begrænset, og den er erstattet af STR-analyse.
Hvad er STR?
STR er en meget gentagen DNA-sektion, som består af to til tretten nukleotid-gentagende enheder organiseret på en tandem-måde. STR ligner VNTR. Men det varierer fra VNTR fra antallet af nukleotider i en gentagelsessekvens og antallet af gentagelser. STR er en type mikrosatellit.
STR-analyse involveret i måling af det nøjagtige antal gentagne enheder. STR'er er meget varierende blandt individer, svarende til VNT'er. STR-profiler er forskellige fra person til person. Derfor bruges STR-analyse i molekylærbiologi til at sammenligne specifikke loci på DNA fra to eller flere prøver. Derfor betragtes STR'er som kraftfulde genetiske markører i molekylærbiologi. Det giver et fremragende værktøj til identifikation af individer på grund af deres høje grad af polymorfi og relativt korte længde.
I øjeblikket er STR'er det mest almindeligt anvendte værktøj til analyseret genetisk polymorfi inden for retsgenetik. De fleste retsmedicinske sagsbehandlinger involverer STR polymorf analyse. STR loci er spredt over hele genomet. Der er tusindvis af STR'er placeret i kromosomer, som kan bruges i retsmedicinske analyser. STR-analyse involverer ikke restriktionslængdepolymorfi som VNTR-analyse. STR-analyse skærer ikke DNA med restriktionsenzymer. Specifikke prober bruges til at fastgøre ønskede regioner på DNA og ved hjælp af PCR-teknik bestemmes længderne af STR.
Figur 02: STR-variation mellem prøver
Hvad er lighederne mellem VNTR og STR?
- VNTR og STR er ikke-kodende DNA.
- Begge er tandemgentagelser.
- Begge viser polymorfi blandt individer på grund af forskellen i længden af DNA-sektionen.
- Begge bruges som kraftfulde genetiske markører i DNA-fingeraftryk og i retsmedicinske undersøgelser.
Hvad er forskellen mellem VNTR og STR?
VNTR vs. STR |
|
| VNTR er et ikke-kodende repetitivt DNA, som har en kort nukleotidsekvens gentaget på en tandem måde. | STR er en meget gentagen DNA-sektion, som består af to til tretten nukleotid-gentagelsesenheder organiseret på en tandem-måde. |
| Size | |
| VNTR'er er større end STR'er. | STR'er er mindre end VNTR'er. |
| Antal nukleotider i gentagelsessekvens | |
| Den gentagne enhed i VNTR består af 10 til 100 nukleotider. | Den gentagende enhed af STR består af 2 til 13 nukleotider. |
Oversigt – VNTR vs STR
VNTR og STR er to kraftfulde genetiske markører, der bruges i molekylærbiologi, især inden for retsgenetik. VNTR er en type minisatellit og STR er en mikrosatellit. VNTR og STR er ikke-kodende, meget gentagne DNA. De er tandem-gentagelser. Den generelle struktur af VNTR og STR er den samme. Imidlertid er antallet af nukleotider i den gentagne sekvens og længden forskellige. VNTR har gentagne sekvenser bestående af 10 til 100 nukleotider. STR har gentagne sekvenser bestående af 2 til 13 nukleotider. Dette er forskellen mellem VNTR og STR.
Download PDF-version af VNTR vs STR
Du kan downloade PDF-versionen af denne artikel og bruge den til offline-formål i henhold til citatnoter. Download venligst PDF-version her Forskel mellem VNTR og STR.
