Nøgleforskel – Gelelektroforese vs SDS-side
Gelelektroforese er en teknik, som adskiller makromolekyler i et elektrisk felt. Det er en almindelig metode i molekylærbiologi at adskille DNA, RNA og proteiner fra blandinger i henhold til deres molekylære størrelser. SDS Page er en type gelelektroforese, som bruges til at adskille proteiner fra en proteinblanding baseret på deres størrelser. Gelelektroforese er et udtryk, der bruges til at henvise til den normale teknik, der anvendes til DNA-, RNA- og proteinseparation, mens SDS Page er en enkelt type gelelektroforese. Dette er den vigtigste forskel mellem gelelektroforese og SDS Page.
Hvad er gelelektroforese?
Gelelektroforese er en almindelig teknik, der bruges i laboratorier til at adskille ladede molekyler såsom DNA, RNA, proteiner osv. fra deres blandinger. En gel bruges i gelelektroforese. Det fungerer som en molekylsigte. Der er to typer geler, der anvendes i gelelektroforese, nemlig agarose og polyacrylamid. Udvælgelse af en gel og gelpræparat er vigtige faktorer, der skal tages i betragtning ved gelelektroforeser, da gelens porestørrelse bør manipuleres omhyggeligt for en god adskillelse af molekyler gennem gelelektroforese. Gelelektroforese har et elektrisk felt forbundet til to ender af gelen. Den ene ende af gelen viser en positiv ladning, mens den anden ende er negativt ladet.
DNA og RNA er negativt ladede molekyler. Når de først er fyldt ind i gelen fra den negative ende af gelen og påført det elektriske felt, migrerer de gennem gelens porer mod den positivt ladede ende af gelen. Migrationshastigheden afhænger af ladningen og molekylets størrelse. Mindre molekyler migrerer let gennem gelporerne end større molekyler. Derfor rejser mindre molekyler en lang afstand gennem gelen, og de større molekyler rejser en kort afstand. For at observere molekylernes vandring på gelen bruges specielle typer farvestoffer. Det elektriske felt påføres i en vis tidsperiode og stoppes for at forhindre tab af molekyler og for at holde molekylerne i deres tilbagelagte positioner. Forskellige bånd kan observeres i gelen. Disse bånd repræsenterer molekyler af forskellige størrelser. Derfor er gelelektroforese nyttig til at differentiere molekyler efter deres størrelse.
Gelelektroforese er inkorporeret i forskellige teknikker som en præparativ teknik inden for molekylærbiologi, såsom PCR, RFLP, kloning, DNA-sekventering, southern blotting, genomkortlægning osv.
Figur 01: Agarosegelelektroforese
Hvad er SDS-side?
Natriumdodecylsulfat polyacrylamidgelelektroforese (SDS-side) er en type gelelektroforese, der bruges til at adskille proteiner. Når gelelektroforese bruges til at adskille proteiner, er særlige behandlinger nødvendige, da proteiner ikke er negativt ladede som DNA og RNA og ikke migrerer mod den positive ende eller negative ende. Derfor denatureres proteiner og belægges med en negativ ladning før gelelektroforese. Det gøres ved hjælp af et rengøringsmiddel kaldet natriumdodecylsulfat (SDS). Gelelektroforesen, som bruger SDS og en polyacrylamidgel til det understøttende medium, er kendt som SDS Page. Denne teknik er almindeligt anvendt i biokemi, genetik, retsmedicin og molekylærbiologi.
Under SDS-siden blandes proteiner med SDS. SDS udfolder proteiner til en lineær form og belægger dem med en negativ ladning, der er proportional med deres molekylære masse. På grund af den negative ladning migrerer proteinmolekyler mod den positive ladningsende af gelen og adskilles i henhold til deres molekylære masser. I SDS Page anvendes polyacrylamid som den faste understøtning til gelen. Den faktiske adskillelse af proteinerne afhænger hovedsageligt af gelens egenskaber. Derfor skal polyakrylamidgel forberedelse udføres omhyggeligt, og korrekte koncentrationer af polyacrylamid bør anvendes. Polyacrylamidgeler viser høj opløsning end agarosegeler. Derfor betragtes SDS Page som en højopløsningsteknik til proteinseparation.
SDS-side er en type denaturerende gelelektroforese. Det har en stor begrænsning i proteinanalyse. Da SDS denaturerer proteiner før adskillelse, tillader det ikke påvisning af enzymatisk aktivitet, proteinbindingsinteraktioner, proteincofaktorer osv.
Figur 02: SDS-side
Hvad er forskellen mellem gelelektroforese og SDS-side?
Gel Electrophoresis vs SDS-side |
|
| Gelelektroforese er en metode, der udføres til at adskille makromolekyler ved hjælp af et elektrisk felt. | SDS Page er en højopløsnings gelelektroforeseteknik, der bruges til at adskille proteiner baseret på deres masse. |
| Gel Run | |
| Det kan udføres vandret eller lodret. | SDS-siden kører altid lodret. |
| Basis for Separation | |
| Adskillelse sker i henhold til ladningen og størrelsen. | Proteinseparation sker i henhold til massen og ladningen. |
| Opløsning | |
| Agarosegelelektroforese har lav opløsning, og polyacrylamidgelelektroforese har en højere opløsning | SDS-siden har en bedre opløsning. |
| Denaturation | |
| Gelelektroforese omfatter både denaturerende og ikke-denaturerende teknikker. | SDS-side denaturerer proteiner før adskillelse. |
Opsummering – Gelelektroforese vs SDS-side
Gelelektroforese er en almindelig teknik, der bruges til adskillelse og analyse af DNA, RNA og proteiner baseret på deres størrelse og ladning. Der er to hovedtyper af gelelektroforese, nemlig agarosegelelektroforese og polyacrylamidgelelektroforese. Agarosegeler anvendes hovedsageligt til nukleinsyreseparation; når højere opløsning er påkrævet, anvendes polyacrylamidgeler. SDS-side er en type gelelektroforese, der almindeligvis bruges til at adskille komplekse blandinger af proteiner. Det betragtes som en højopløselig proteinseparationsteknik. Dette er forskellen mellem gelelektroforese og SDS-side.
