Nøgleforskellen mellem FASTA og FASTQ er, at FASTA er et tekstbaseret format, der kun gemmer nukleotid- eller proteinsekvenser, mens FASTQ er et tekstbaseret format, der gemmer både sekvens- og tilhørende sekvenskvalitetsværdier.
Bioinformatik er et felt, der bruger forskellig software til at analysere og forstå biologiske data, især når datasættet er komplekst og stort. Dette felt kombinerer biologi, kemi, fysik, datalogi, informationsteknik, matematik og statistik for at analysere og fortolke biologiske data. FASTA og FASTQ er to sekvensrepræsentationsformater inden for bioinformatik til at justere og analysere sekvenser. Faktisk er FASTQ et sekvensfilformat, der udvider FASTA-formatet med mulighed for at gemme sekvenskvaliteten.
Hvad er FASTA?
FASTA er en tilpasningssoftware til DNA og proteinsekvens. FASTA-software bruger FASTA-format. Det er et tekstbaseret format, der repræsenterer enten nukleotidsekvenser eller aminosyre (protein) sekvenser. Her repræsenterer enkeltbogstavskoder begge disse sekvenser. FASTA er et vigtigt værktøj inden for bioinformatik og biokemi. Dette format tillader sekvensnavne og kommentarer at gå forud for sekvenserne.
Figur 01: FASTA-sekvens
Dette format stammer fra FASTA-softwaren og blev introduceret af David J. Lipmann og William R. Pearson i 1985. FASTA-værktøjet havde mange modifikationer gennem tiden, og den seneste version består af programmer til protein:protein, DNA:DNA, protein:oversat DNA (med frameshifts) og ordnede eller uordnede peptidsøgninger. FASTA læser en given nukleotid- eller aminosyresekvens og leder efter den tilsvarende sekvensdatabase ved at bruge lokal sekvensjustering for at finde matches af lignende databasesekvenser.
Hvad er FASTQ?
FASTQ er en tilpasningssoftware, der bruges inden for bioinformatik, som lagrer både en biologisk sekvens (norm alt nukleotidsekvens) og dens tilsvarende kvalitetsscore. FASTQ blev oprindeligt udviklet til at samle en FASTA-formateret sekvens og de relaterede kvalitetsdata af Wellcome Trust Sanger Institute. Med udviklingen inden for bioinformatik blev FASTQ den de facto standard for lagring af output fra mange high-throughput sekventeringsinstrumenter.
FASTQ-formatet bruger fire forskellige linjer pr. sekvens. Linje 1 begynder med @-tegn og efterfølges af en sekvensidentifikator (svarende til en FASTA-titellinje). Linje 2 består af rå sekvensbogstaver. I linje 3 begynder sekvensen med et '+'-tegn og efterfølges eventuelt af den samme sekvensidentifikator. Linje 4 koder kvalitetsværdierne for sekvensen i linje 2 og skal bestå af det samme antal symboler som bogstaver i sekvensen.
Hvad er lighederne mellem FASTA og FASTQ?
- FASTA og FASTQ er tilpasningsværktøjer.
- De er to sekvensrepræsentationsformater.
- Begge er relateret til området bioinformatik.
- Både FAST og FASTQ er vigtige værktøjer til opbevaring og sekventeringsformål.
- FASTQ er en udvidelse af FASTA-formatet med mulighed for at gemme sekvenskvaliteten.
Hvad er forskellen mellem FASTA og FASTQ?
FASTA er et tekstbaseret format, der kun gemmer nukleotid- eller proteinsekvenser, mens FASTQ er et tekstbaseret format, der gemmer både sekvens- og tilhørende sekvenskvalitetsværdier. Dette er således den vigtigste forskel mellem FASTA og FASTQ. Desuden lagrer FASTA sekvensfragmenter efter at være blevet kortlagt, mens FASTQ lagrer sekvensfragmenter før kortlægning. Desuden er en anden forskel mellem FASTA og FASTQ, at FASTA består af én beskrivelseslinje, og FASTAQ består af fire linjer.
Nedenstående infografik præsenterer forskellene mellem FASTA og FASTQ i tabelform til sammenligning side om side.
Oversigt – FASTA vs FASTQ
Bioinformatik bruger forskellige formater af sekvenser såsom FASTA og FASTQ osv. FASTA gemmer sekvensfragmenter efter at være blevet kortlagt, mens FASTQ gemmer sekvensfragmenterne før kortlægning. FASTA er en tilpasningssoftware til DNA og proteinsekvens. Den består af programmer til protein:protein, DNA:DNA, protein:oversat DNA (med frameshifts) og ordnede eller uordnede peptidsøgninger. FASTQ er en tilpasningssoftware, der bruges inden for bioinformatik og gemmer både en biologisk sekvens (norm alt nukleotidsekvens) og dens tilsvarende kvalitetsscore. FASTA består af én beskrivelseslinje, og FASTQ består af fire linjer. Så dette opsummerer forskellen mellem FASTA og FASTQ.
