Nøgleforskellen mellem BLAST og FastA er, at BLAST er et grundlæggende tilpasningsværktøj, der er tilgængeligt på National Center for Biotechnology Information-webstedet, mens FastA er et lighedssøgningsværktøj, der er tilgængeligt på European Bioinformatics Institutes websted.
BLAST og FastA er to software, der er meget i brug til at sammenligne biologiske sekvenser af DNA, aminosyrer, proteiner og nukleotider fra forskellige arter og se efter deres ligheder. Disse algoritmer blev skrevet med hastighed i tankerne. For da videnskabsmænd var i stand til at isolere DNA i laboratoriet i midten af 1980'erne, rejste det et behov for at sammenligne og finde identiske gener til yderligere forskning i høj hastighed. Derfor blev disse to software udviklet på en måde, så brugeren kan foretage en hurtig søgning af lignende sekvenser med deres forespørgselssekvenser.
BLAST er et akronym for Basic Local Alignment Search Tool og bruger den lokaliserede tilgang til at sammenligne de to sekvenser. FastA er en software, der refererer til Fast A, hvor A står for Alle. Her arbejder softwaren med alfabeter som Fast A til DNA-sekventering og Fast P til protein. Både BLAST og FastA er meget hurtige til at sammenligne enhver genomdatabase og er derfor meget levedygtige både pengemæssigt og til at spare tid.
Hvad er BLAST?
BLAST er en af de mest udbredte bioinformatiksoftware, der blev udviklet i 1990. Siden da er den tilgængelig for alle på NCBI-webstedet. Desuden kan enhver person få adgang til denne software og bruge den. Desuden er BLAST en software, der har brug for inputdata eller sekvenser i FastA-format. Men det giver outputdata i almindelig tekst, HTML eller XML-format. BLAST arbejder ud fra et princip om at søge efter lokaliserede ligheder mellem to sekvenser og kortliste de lignende sekvenser, og derefter søger den efter naboskabsligheder.
Figur 01: BLAST-resultater
Denne software søger således efter et stort antal lignende lokale regioner og giver resultatet ved at nå en tærskelværdi. Denne proces adskiller sig dog fra den tidligere software, som søger i hele sekvensen først og derefter foretager sammenligningen, og det tog derfor meget tid.
Udover ovenstående lighedskontrol har BLAST mange andre anvendelser såsom DNA-kortlægning, sammenligning af to identiske gener i forskellige arter, oprettelse af et fylogenetisk træ osv.
Hvad er FastA?
FastA er en software til justering af proteinsekvenser. David J. Lipman og William R. Pearson beskrev denne software i 1985. Selvom den første brug af denne software kun var at sammenligne proteinsekvenserne, var den modificerede version af den i stand til også at sammenligne DNA-sekvenser. Her bruger denne software princippet om at finde ligheden mellem to sekvenser statistisk. Den matcher en sekvens af DNA'et eller proteinet med en anden sekvens ved hjælp af lokal sekvensjusteringsmetode.
Figur 02: FastA
Den søger dog efter lokale regioner for lighed, men ikke det bedste match mellem to sekvenser. Da denne software til tider sammenligner lokaliserede ligheder, kan den også komme med uoverensstemmelser. I en sekvens tager FastA en lille del kendt som k-tupler, hvor tuplerne kan være fra 1 til 6 og matcher med k-tuplerne i den anden sekvens. I slutningen af matchningsprocessen, når den når en tærskelværdi, producerer den resultatet.
Hvad er lighederne mellem BLAST og FastA?
- BLAST og FastA er bioinformatiske værktøjer, der bruges til at sammenligne protein- og DNA-sekvenser for ligheder.
- Også bruger begge programmer en scoringsstrategi til at foretage sammenligninger mellem sekvenserne.
- Yderligere giver begge værktøjer meget nøjagtige resultater.
Hvad er forskellen mellem BLAST og FastA?
BLAST er et værktøj til at kontrollere ligheden mellem biologiske sekvenser. På den anden side er FastA et andet program, der letter lighedskontrollen af protein- og DNA-sekvenser. Men i sammenligning med FastA er BLAST-software meget populær, da den giver mere præcise og hurtige resultater. Derfor er dette forskellen mellem BLAST og FastA. I modsætning til FastA kan BLAST-programmet desuden ændres efter brugerens behov. Derfor er dette endnu en forskel mellem BLAST og FastA.
Nedenstående infografik om forskellen mellem BLAST og FastA giver flere detaljer.
Opsummering – BLAST vs FastA
BLAST og FastA er to programmer, der giver brugeren mulighed for at sammenligne sin forespørgselssekvens med sekvenserne i de eksisterende databaser og kontrollere lighederne. Det oprindelige formål med FastA var kun at sammenligne proteinsekvenser. Men den modificerede version af denne software letter både protein- og DNA-sekvenssammenligninger. Selvom FastA er god software, bruger de fleste mennesker BLAST-justeringsværktøjet, da det er mere populært og giver mere præcise og hurtige resultater end FastA. Desuden kan BLAST-værktøjet ændres i henhold til brugerkravene. Kort fort alt opsummerer dette forskellen mellem BLAST og FastA.
