Nøgleforskellen mellem LINE'er og SINE'er er, at LINE'er (lange interspersed nukleare elementer) er en type længere ikke-LTR retrotransposoner, mens SINE'er (short interspersed nukleare elementer) er en type meget kortere non-LTR retrotransposoner.
Ikke-LTR retrotransposoner indeholder ikke lange terminale gentagelser (LTR). Imidlertid indeholder de gener for revers transkriptase, RNA-bindende protein, nuklease og ribonuklease H-domæne. Ikke-LTR retrotransposoner har korte gentagelser. Disse gentagelser har en omvendt rækkefølge af baser ved siden af hinanden. Bortset fra det har ikke-LTR-retrotransposoner også direkte gentagelser fundet i LRT-transposoner. Ikke-LTR retrotransposoner falder i to kategorier som LINE'er og SINE'er.
Hvad er LINJER?
LINE'er (lange interspersed nukleare elementer) er længere ikke-LTR retrotransposoner. De er udbredt i genomerne af eukaryoter. De udgør norm alt 21,1% af det menneskelige genom. Hver LINE er omkring 7000 basepar lang. LINE'er kan transskribere til mRNA og oversætte til et protein, der kan fungere som et revers transkriptase-enzym. Denne omvendte transkriptase producerer DNA-kopier af LINEs RNA. Disse DNA-kopier kan integreres i genomet på et nyt sted.
Figur 01: LINJER og SINE
Det menneskelige genom har kun én rigelig LINE kaldet LINE-1. LINE-1 element er omkring 6000 basepar langt. Der er omkring 100.000 trunkerede LINE-1-elementer i det menneskelige genom. Tilfældig mutation kan forekomme i LINEs. På grund af tilfældige mutationer kan LINE'erne degenerere. De bliver ikke længere transskriberet eller oversat. Ydermere er LINE'er grupperet i fem hovedgrupper såsom L1, RTE, R2, I og jockey. Disse fem grupper opdeles yderligere i yderligere 28 klader.
LINE'er udbredes norm alt gennem en mekanisme kaldet target-primed reverse transcription mechanism (TPRT). Indsættelse af LINE'er forårsager menneskelige sygdomme som hæmofili A, cancer, mendeliske lidelser osv. Hypomethylering af LINE'er udløser også visse typer kræft.
Hvad er SINEs?
SINEs (korte interspersed nukleare elementer) er en type meget kortere ikke-LTR retrotransposoner. De er omkring 100 til 700 basepar lange. SINE'er er også DNA-elementer, der amplificerer sig selv gennem eukaryote genomer gennem RNA-mellemprodukter. SINEs udgør omkring 13% af pattedyrets genom. De indre regioner af SINEs stammer fra tRNA. Det forbliver meget bevaret. De er ofte til stede i mange arter af hvirveldyr og hvirvelløse dyr. Kopiantallets variation og mutationer i SINE'erne kan inkorporeres for at konstruere den fylogeni-baserede klassifikation af arter.
SINEs kan grupperes i tre hovedtyper: CORE-SINEs, V-SINEs og AmnSINEs. Alu-element er det mest almindelige SINE hos primater. Desuden er der mere end 50 menneskelige sygdomme forbundet med indsættelse af SINE'er. Når de indsættes i eller nær exoner, kan de forårsage ukorrekt splejsning eller ændre læserammen. Dette fører til sygdomsfænotyper såsom brystkræft, tyktarmskræft, leukæmi, hæmofili, cystisk fibrose, tyktarmskræft, Dents sygdom, neurofibromatose osv.
Hvad er lighederne mellem LINEs og SINEs?
- LINEs og SINEser to typer ikke-LTR retrotransposoner.
- Begge har ikke lange terminalområder (LTR).
- Begge findes overvejende kun i eukaryoter.
- De er begge ikke-autonome.
Hvad er forskellen mellem LINEs og SINEs?
LINE'er er længere ikke-LTR-retrotransposoner, mens SINE'er er meget kortere ikke-LTR-retrotransposoner. Så dette er den vigtigste forskel mellem LINEs og SINEs. Ydermere koder LINES for revers transkriptase-enzym, mens SINE ikke koder for revers transkriptase-enzym. Dette er således endnu en forskel mellem LINEs og SINEs.
Flere forskelle mellem LINEs og SINEs er angivet nedenfor i tabelform til sammenligning side om side.
Oversigt – LINEs vs SINEs
Retrotransposoner findes hovedsageligt i alle eukaryoter, men fraværende i prokaryoter. Cirka 37% af det menneskelige genom indeholder retrotransposoner. Retrotransposoner er hovedsageligt to typer: LTR og ikke-LTR retrotransposoner. Ikke-LTR-retrotransposoner indeholder ikke lange terminale gentagelser (LTR), som er til stede i LTR-retrotransposoner. Ikke-LTR retrotransposoner er yderligere opdelt i to kategorier: LINE'er og SINE'er. LINE'er er længere ikke-LTR-retrotransposoner, mens SINE'er er meget kortere ikke-LTR-retrotransposoner. Dette er således opsummeringen af forskellen mellem LINEs og SINEs.
