Nøgleforskellen mellem NGS og WGS er, at næste generations sekvensering (NGS) er en massivt parallel andengenerations sekvenseringsteknologi, der er høj gennemløb, lav pris og hurtig, mens helgenom sekventering (WGS) er en omfattende metode til at analysere hele det genomiske DNA i en celle på én gang ved at bruge sekventeringsteknikker såsom Sanger-sekventering, shotgun-tilgang eller high throughput NGS-sekventering.
I de sidste par årtier er forståelsen af genomet hos mennesker og andre dyr steget massivt på grund af opdagelsen af hurtige sekventeringsteknikker og bioinformatiske værktøjer. Konventionelle sekventeringsteknikker såsom Sanger-sekventering havde deres begrænsninger, hvilket krævede udvikling af nye hurtige sekventeringsmetoder såsom næste generations sekventering (NGS) og nanopore-sekventering. Helgenomsekventeringsteknikken (WGS) er en nyere tilgang, der allerede er brugt i mange genomiske forskningsprojekter, såsom 100.000 genomiske projekt af Genomic England, Storbritannien. Så NGS og WGS er to sekventeringsmetoder, der i øjeblikket er inkorporeret i mange genomiske projekter.
Hvad er NGS?
NGS (næste-generations-sekventering) er en massivt parallel anden-generations-sekventeringsteknologi, der er høj gennemstrømning, lav pris og hurtig. Der er ingen præcis definition for næste generations sekventering. Men vi kan tydeligt skelne det fra konventionelle kapillærbaserede sekventeringsteknikker. Næste generations sekventering tillader sekventering af et DNA-molekyle med en samlet størrelse større end 1 million basepar i et enkelt eksperiment. Det tilbyder en hidtil uset hastighed og høj gennemløbsmuligheder, såsom at tillade sekventering af DNA fra flere individer på samme tid. Dette opnås ved at miniaturisere volumenet af individuelle sekventeringsreaktioner. Desuden begrænser dette også størrelsen af instrumenterne og minimerer omkostningerne til reagenser pr. reaktion.
Figur 01: NGS-platforme
NGS er en kortlæst sekventeringsmetode, der allerede har revolutioneret det biologiske forskningsfelt. Ydermere anvendes NGS på forskellige områder, såsom de novo genom-sekventering, hel-genom-sekventering, transkriptomanalyse, lille RNA- og mikro-RNA-sekventering, målrettet gen-sekventering og hel-exom-sekventering.
Hvad er WGS?
WGS (whole-genome sequencing) er en omfattende metode til at analysere hele det genomiske DNA i en celle på én gang ved at bruge sekventeringsteknikker såsom Sanger-sekventering, shotgun-tilgang eller high throughput NGS-sekventering. Det er også kendt som fuld genomsekventering eller komplet genomsekventering. Helgenomsekventering indebærer sekventering af hele en organismes kromosomale DNA såvel som DNA i mitokondrier, og for planter, DNA'et i kloroplasten på én gang. WGS gør det muligt for forskere at læse den nøjagtige rækkefølge af alle de bogstaver, der udgør det komplette sæt af DNA. WGS, der bruger NGS-platformen, forventes at revolutionere den kliniske opsætning.
Figur 02: WGS vs Hierarchical Shotgun Sequencing
Hele-genomsekventering blev introduceret til klinisk behandling i 2014. Desuden involverer anvendelsen af WGS gensekventering på SNP-niveau for at udpege funktionelle varianter i associationsstudier, terapeutisk intervention i personlig medicin, evolutionær biologi, komparativ genomisk analyse, mutations- og omlejringsundersøgelser, sjældne variantassocieringsundersøgelser og forudsigelse af sygdomsmodtagelighed og lægemiddelrespons.
Hvad er lighederne mellem NGS og WGS?
- NGS og WGS er to sekventeringsteknikker.
- Begge teknikker sekvenserer enten DNA eller RNA.
- Disse teknikker er nye og pålidelige.
- De bruges begge til at diagnosticere sygdomme og opdage lægemidler.
Hvad er forskellen mellem NGS og WGS?
NGS er en massivt parallel andengenerations sekventeringsteknologi, der er høj gennemløb, lav pris og hurtig, mens WGS er en omfattende metode til at analysere hele det genomiske DNA i en celle på én gang ved at bruge sekventeringsteknikker som f.eks. som Sanger-sekventering, shotgun-tilgang eller high throughput NGS-sekventering. Så dette er den vigtigste forskel mellem NGS og WGS. Ydermere består NGS kun af andengenerations sekventeringsmetoder, mens WGS består af første, anden og tredje generations sekventeringsmetoder.
Den følgende tabel præsenterer forskellene mellem og NGS og WGS i tabelform til sammenligning side om side.
Oversigt – NGS vs WGS
I de seneste årtier er forskellige sekventeringsteknikker rutinemæssigt blevet anvendt i moderne molekylær forskning. Og selv de er meget kraftfulde værktøjer til mange kliniske applikationer. NGS og WGS er to sekventeringsmetoder, der i øjeblikket indgår i mange genomiske projekter. NGS er en anden generations sekventeringsteknologi, der er høj gennemstrømning, lav pris og hurtig. På den anden side er WGS en metode til at analysere hele det genomiske DNA eller det fulde genomiske DNA fra en celle på én gang ved at bruge sekventeringsteknikker såsom Sanger-sekventering, shotgun-tilgang eller high throughput NGS-sekventering. Så dette er opsummeringen af forskellen mellem NGS og WGS.
