Nøgleforskellen mellem CDS og ORF er, at CDS er den faktiske nukleotidsekvens af et gen, som oversættes til et protein, mens ORF er en strækning af DNA-sekvens, der begynder med translationsinitieringssted (startkodon) og slutter med et oversættelsestermineringssted (stopkodon).
Et gen har en kodende sekvens (CDS). Den består af totale exoner af genet og et startkodon og et stopkodon. Det er den egentlige del af genet, der oversætter og producerer proteinet. Åben læseramme eller ORF er en nukleotidsekvens placeret mellem et startkodon og et stopkodon. Der er ingen stopkodon inde i en ORF, der afbryder den genetiske kode, som omsættes til et protein. I prokaryoter er CDS og ORF af et gen de samme.
Hvad er CDS?
CDS eller kodende sekvens er den del af genet, der faktisk oversættes til et protein. Den består af exoner og to kodoner kendt som AUG codon og stop codon. CDS indeholder ikke to uoversatte regioner: 5' UTR og 3' UTR. Desuden er introner ikke inkluderet i CDS.
Figur 01: Kodningssekvens
Sammenlignet med hele genomet af et individ er kodende sekvenser en lille brøkdel. Kodende sekvens består af den nødvendige nukleotidsekvens for at lave proteinets aminosyresekvens. Derfor er CDS koncentrerede exoner, som kan opdeles i nukleotidtripletter eller kodoner. Kodoner giver anledning til aminosyrer.
Hvad er en ORF?
Åben læseramme eller ORF er den kontinuerlige strækning af en nukleotidsekvens, der begynder med et startkodon og slutter med et stopkodon. Med enkle ord refererer ORF til regionen af nukleotidsekvensen placeret mellem start- og stopkodoner. Ind imellem er der ingen stopkodon, der afbryder ORF. Nukleotidsekvensen mellem start- og stopkodon koder for aminosyrer. Generelt er startkodon ATG, mens stopkodoner er TAG, TAA og TGA. ORF giver et funktionelt protein, når det transskriberes og translateres. Derfor inkluderer ORF et startkodon, flere kodoner i midterregionen og et stopkodon. Interessant nok har ORF en længde, der kan divideres med tre.
Figur 02: Åben læseramme
I prokaryoter, da der ikke er nogen introner, er ORF den kodende sekvens af et gen, som transskriberer direkte til mRNA. Derfor er CDS og PRF de samme i prokaryoter. Når man søger efter gener i prokaryoter, er det nemt at detektere en ORF og finde et gen i prokaryoter. I eukaryoter, da der er introner, er ORF kodonsekvensen, der dannes efter bearbejdning eller RNA-splejsning. ORF er et stykke bevis, der hjælper genforudsigelse, så længe ORF sandsynligvis er en del af et gen.
Hvad er lighederne mellem CDS og ORF?
- I prokaryoter er CDS og ORF de samme.
- Begge har startkodon og stopkodon.
- De har et antal nukleotider, som kan divideres med tre.
- Når de er oversat, producerer de aminosyresekvenser.
Hvad er forskellen mellem CDS og ORF?
CDS er den faktiske del af genet, som oversættes til et protein, mens ORF er strækningen af DNA mellem et startkodon og et stopkodon. Så dette er den vigtigste forskel mellem CDS og ORF. Desuden indeholder CDS ikke introner, men ORF kan indeholde introner. CDS transskriberer fuldt ud til en komplet mRNA-sekvens, mens ORF kan være en del af mRNA-sekvensen. Dette er således endnu en forskel mellem CDS og ORF.
Infografikken nedenfor viser forskellene mellem CDS og ORF side om side.
Oversigt – CDS vs ORF
CDS og ORF er to vigtige dele af et gen. CDS refererer til den faktiske region af DNA, der oversættes til et protein. ORF er en sekvens af DNA, der starter med startkodonet "ATG" og slutter med et hvilket som helst af de tre termineringskodoner (TAA, TAG eller TGA). ORF kan være en del af det komplette mRNA af et gen. Imidlertid transkriberer den kodende sekvens af et gen til fuldstændig mRNA-sekvens. Alle CDS'er er ORF'er. Men ikke alle ORF'er er CDS'er. Dette opsummerer således forskellen mellem CDS og ORF.
