Nøgleforskellen mellem hierarkisk og helgenom-haglgeværsekventering er, at i hierarkisk haglgeværsekventering opdeles genomet i større fragmenter før sekventering, mens hele genomet i helgenom-haglgeværsekventering opdeles i små fragmenter til sekventering.
Sekvensering er en vigtig teknik i molekylære processer, især i den nøjagtige identifikation af arter. Faktisk er det teknikken til at identificere den præcise rækkefølge af nukleotider i et gen eller et genom. Der er mange teknikker til sekventering. Nogle af disse inkluderer Maxam Gilbert-metoden, Sanger-metoden og den automatiserede Sanger-metode.
Hvad er hierarkisk haglgeværsekventering?
Hierarkisk haglgevær-sekventering er en metode til sekventering. Det kaldes også 'top-down sekventering'. Yderligere består denne metode af to trin: det første trin er genomamplifikation, og det andet trin er genomfragmentering. I denne metode skæres genomet i store fragmenter først. Det efterfølges af kloning af disse store fragmenter i forskellige værter ved hjælp af vektorer eller kunstige kromosomer. Derefter arrangeres disse rekombinante vektorer i et bibliotek. Under shotgun-sekventeringen gennemgår de rekombinante vektorkloner sekventering individuelt. Fragmenterne i klonerne gennemgår restriktionsfordøjelse for yderligere at reducere størrelsen af genomet og gennemgår derved sekventering.
Figur 01: Hierarkisk haglgeværsekvens
Under hierarkisk shotgun-sekvensering skal de store bidder af fragmenter arrangeres i rækkefølge før shotgun-sekvenseringen. Det foregår ved hjælp af de molekylære markører, der er inkorporeret under kloningsprocessen.
Hierarkisk haglgeværsekventering skaber et genkort i lav opløsning. Men det skaber et ordnet sekvenskort. Det tager således længere varighed end direkte sekventering. Hele processen forsinkes på grund af skabelsen af et rekombinant vektorbibliotek. Er det også en arbejdskrævende teknik. Men i øjeblikket er teknikken automatiseret for at lette arbejdet.
Hvad er Whole Genome Shotgun Sequencing?
Hele genomet shotgun-sekventering er en enkelttrins-sekventeringsproces. I denne proces finder hele genomklipningen sted først. Efter dette gennemgår hvert af disse små fragmenter sekventering tilfældigt. Efter afslutning af sekventeringen finder sekvensanalysen sted. Under sekvensanalyse fjernes de overlappende sekvenser, og analysen er ikke en ordnet proces. Derfor er samlingen af sekvenser en mindre effektiv proces sammenlignet med hierarkisk haglgeværsekventering. Processen med helgenom-haglgeværsekventering er dog hurtigere, og analysen af hele genomet kan finde sted i et enkelt tilfælde.
Hvad er lighederne mellem hierarkisk og hele genom-shotgun-sekvensering?
- Hierarkisk og helgenom-haglgeværsekventering er to sekventeringstilgange.
- Begge gennemgår Sanger-sekventering eller automatiserede Sanger-sekventeringsmetoder.
- De er involveret i sekventering af DNA- og RNA-fragmenter.
- Desuden er begge metoder vigtige i molekylær diagnostik og forskningsformål.
- På nuværende tidspunkt er begge teknikker automatiserede eller computerbaserede.
- Begge teknikker er afhængige af fragmenteringen af genomet.
Hvad er forskellen mellem hierarkisk og hele genom-shotgun-sekvensering?
Hierarkisk haglgevær-sekventering genererer fragmenter af større størrelse sammenlignet med hel-genom-shotgun-sekvensering, som fungerer med små fragmenter af sekvenser. Så dette er den vigtigste forskel mellem hierarkisk og helgenom haglgeværsekventering. Desuden består den hierarkiske haglgevær-sekventering af to store trin, mens hele-genom-haglgevær-sekventeringen er afhængig af ét større trin.
Yderligere er en anden forskel mellem hierarkisk og helgenom-haglgevær-sekvensering, at opløsningen er højere i hel-genom-haglgevær-sekvensering sammenlignet med hierarkisk shotgun-sekvensering.
Nedenstående infografik opsummerer forskellen mellem hierarkisk og helgenom-shotgun-sekvensering.
Opsummering – Hierarkisk vs Whole Genome Shotgun Sequencing
Hierarkisk og hel-genom haglgeværsekventering er to teknikker til at sekventere store genomer. Den hierarkiske haglgeværsekvens er en to-trins proces med sekventering, hvor genomet er opdelt i større fragmenter. I modsætning hertil er hel-genom-haglgevær-sekventeringen en enkelt-trins-sekventering, hvor genomet opdeles i små fragmenter og sekventeres direkte. Dette er således den vigtigste forskel mellem hierarkisk og helgenom haglgeværsekventering. Desuden kan de tekniske aspekter variere mellem de to teknikker.
