Nøgleforskel – Genotyping vs Sequencing
Genotyping og sekventering er to teknikker, der udføres for at opnå information om nukleinsyrerne, primært DNA fra en organisme. Den vigtigste forskel mellem genotypebestemmelse og sekventering er, at genotypebestemmelse er processen til at bestemme, hvilken genetisk variant individet besidder ved hjælp af markører, mens sekventering er bestemmelsen af den korrekte rækkefølge af nukleotidsekvensen inden for det givne fragment af DNA.
Hvad er Genotyping?
Genotyping er bestemmelsen af den genetiske sammensætning af et individ ved hjælp af en sekvens af DNA og markører og sammenligning og identifikation af dets arv. Genotyping er vigtig i evolutionær biologi, populationsbiologi, taksonomi, økologi og genetik af organismerne. Det kan udføres ved forskellige teknikker, herunder DNA-sekventering, polymerasekædereaktion, restriktionsfragmentlængdepolymorfi (RFLP), tilfældig amplificeret polymorf detektion, amplificeret fragmentlængdepolymorfi (AFLP), DNA-mikroarrays osv.
Genotyping involverer sekventering af særlige små fragmenter af DNA-sekvenser og konstatering af slægtskab af den genetiske sammensætning med andre individer ved hjælp af genetiske markører. Det bestemmer enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP'er) blandt individerne eller de specifikke alleler. Genotyping er anvendelig til en bred vifte af organismer, herunder mennesker. Den er også anvendelig på mikroorganismer såsom vira, svampe etc. og kan bruges til at bestemme deres genetiske varianter med referenceprofilerne. Inden for molekylær epidemiologi og retsmedicinsk mikrobiologi udføres kontrol af patogener, især mikroorganismer, ved hjælp af information opnået fra genotypebestemmelse. Genotyping er meget vigtig i stamtavleanalyse. Mennesker er genotypet for at bekræfte moderskab og faderskab. Genotype vil afsløre de dominante og recessive alleler af gener, som bestemmer specifikke træk.
Figure_1: RFLP Genotyping
Hvad er sekvensering?
Sekvensering er processen med at bestemme den korrekte rækkefølge af nukleotidet i et givet fragment af DNA eller RNA. Stort set al information, der kræves for vækst og udvikling af en organisme, er kodet i dens genom. Tilgængeligheden af teknikker til at producere og adskille nogle få hundrede nukleotider lange nukleinsyrefragmenter førte til udviklingen af procedurer til bestemmelse af den nøjagtige nukleotidsekvens af et givet fragment af DNA eller RNA. Forskellige typer sekventeringsmetoder er tilgængelige i dag. Disse sekventeringsmetoder, sammen med teknologierne til konstruktion af genombiblioteker, der repræsenterer hele genomet af en organisme, letter sekventeringen af hele genomet af denne organisme ved at lave en dybdegående analyse af genstrukturer, genfunktioner, genplaceringer, genudtryk, genkortlægning, genregulerende regioner osv.
De samlede genomer af mange vira, adskillige bakterier, arkæbakterier, gær og adskillige nogle andre organismer er blevet sekventeret og kortlagt. Humant genom-projekt har gjort det muligt at sekvensere og kortlægge hele det menneskelige genom og offentliggøre sit første udkast i 2003. Det er en vigtig milepæl i biologiens fremskridt. Humane genomsekvenser bruges nu i den medicinske sektor til at identificere genetiske årsager til sjældne sygdomme, screene sygdomsrisiko hos nyfødte, identificere genetiske detaljer om forskellige kræftformer, udvikle nye terapier og udvikle nye diagnostiske værktøjer osv.
I planteverdenen er risgenomet og Arabidopsis-genomerne blevet sekventeret. Kendskab til disse sekvenser vil uden tvivl revolutionere vores forståelse af, hvordan celler og organismer fungerer.
Figure_2: En autoradiograf af sanger-sekventering
Hvad er forskellen mellem Genotyping og Sequencing?
Genotyping vs Sequencing |
|
| Genotyping er processen med at bestemme den genetiske sammensætning af et individ og kontrollere den pågældende organismes gruppe eller taksonomi. | Sekvensering er processen til at bestemme den præcise rækkefølge af nukleotider i et givet DNA- eller RNA-fragment. |
| Teknikker | |
| RFLP, gensekventering, PCR, DNA-mikroarrays, AFLP osv. | Sanger-sekventering, Gilbert-sekventering, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun-sekventering osv. |
| Større bekymringer | |
| Dette er mere bekymret over, om genotypeforskellene giver de faktiske fænotypeforskelle. | Dette er mere bekymret over rækkefølgen af nukleotiderne og deres forskelle og ændringer med andre organismer. |
Opsummering – Genotyping vs Sequencing
Genotyping og sekventering er nyttige til at studere organismers genetiske information. Genotyping er processen med at bestemme genotypevariationer blandt individer og finde deres kategorier. Sekventering er processen med at bestemme den korrekte rækkefølge af nukleotiderne i det interesserede fragment eller DNA-regionen. Begge teknikker giver vigtig information om generne og genomerne.
