Hvad er forskellen mellem xylencyanol og bromphenolblåt

2024 Forfatter: Alex Aldridge | [email protected]. Sidst ændret: 2023-12-17 13:35

Nøgleforskellen mellem xylencyanol og bromphenolblåt er, at i 1 % agarosegel migrerer xylencyanol langsommere, mens bromphenolblåt migrerer hurtigere.

Xylencyanol og bromphenolblåt er vigtige som farvemarkører, der kan bruges til at overvåge processen med agarosegelelektroforese og polyacrylamidgelelektroforese.

Hvad er xylencyanol?

Xylencyanol er en elektroforetisk farvemarkør eller et sporingsfarvestof. Det er nyttigt til overvågning af processen med agarosegelelektroforese og polyacrylamidgelelektroforese. Når dette stof blandes med prøven, bliver koncentrationen af dette stof typisk omkring 0.005 % til 0,03 %. Nogle synonymer, som vi kan bruge til xylencyanol, omfatter Acid Blue 147, xylencyanol, xylencyanol FF, xylencyanol FF osv.

Den kemiske formel for denne forbindelse er C₂₅H₂₇N₂NaO 6_S2 _{Den molære masse af xylencyanol er 538,61 g/mol. Dette stof kan migrere med en hastighed på omkring 4 - 5 kilobasepar DNA-fragmenter i 1% agarosegeler. Dette afhænger dog af den buffer, vi bruger. Typisk kan xylencyanol på 6% polyacrylamidgel migrere med en hastighed på omkring 140 basepar DNA-fragmenter. På den anden side kan den migrere i 20 % denaturerende polyacrylamidgelelektroforese med en hastighed på 25 baser oligonukleotid.}

Hydrogenbindingsdonortallet for xylencyanol er 2m, og hydrogenbindingsacceptortallet er 8. Antallet af roterbare bindinger for denne forbindelse kan angives som 7. Xylencyanols kompleksitet kan beskrives som 1120 grader. Den har et defineret bindingsstereocenterantal på 1.

Hvad er bromphenolblåt?

Bromphenolblåt er en nyttig pH-indikator, der er nyttig som en elektroforetisk farvemarkør og et farvestof. Det har det kemiske navn 3', 3", 5', 5"-tetrabromphenolsulfonphtalein, BPB. Den kemiske formel for denne forbindelse er C₁₉H₁₀Br₄O_{5 S. Molmassen af denne forbindelse er 669,96 g/mol. Den er lugtfri, og dens massefylde kan angives til 2,2 g/ml. Dens smeltepunkt er 273 grader Celsius, og dens kogepunkt er 279 grader Celsius. Vi kan forberede det ved langsomt at tilsætte overskydende brom til en varm opløsning af phenolsulfonphtalein i iseddikesyre.}

Bromphenolblåt er nyttig som en syre-base-indikator i området mellem pH 3,0 til 4,6. Den er i stand til at skifte fra gul ved pH 3,0 til pH 4,6. Desuden er det en reversibel reaktion. Strukturelt ligner bromphenolblåt phenolphtalein.

Desuden kan vi bruge det som en farvemarkør til at overvåge processen med agarosegelelektroforese og polyacrylamidgelelektroforese. Dette stof kan bære en negativ ladning ved moderat pH, hvor det kan migrere i samme retning som DNA eller protein i en gel. Migrationshastigheden kan variere i henhold til geldensitet og buffersammensætning. I en typisk 1 % agarosegel i 1 gang TAE-buffer eller TBE-buffer migrerer dette stof dog med samme hastighed som et DNA-fragment på ca. 300 basepar.

Hvad er forskellen mellem xylencyanol og bromphenolblåt?

Xylencyanol og bromphenolblåt er vigtige farvemarkører. Den vigtigste forskel mellem xylencyanol og bromphenolblåt er, at i 1 % agarosegel migrerer xylencyanol langsommere, mens bromphenolblåt migrerer hurtigere.

Nedenfor er en oversigt over forskellen mellem xylencyanol og bromphenolblåt i tabelform til sammenligning side om side.

Oversigt – Xylene Cyanol vs Bromophenol Blue

Xylencyanol og bromphenolblåt er vigtige som farvemarkører, der bruges til at overvåge processen med agarosegelelektroforese og polyacrylamidgelelektroforese. Den vigtigste forskel mellem xylencyanol og bromphenolblåt er, at i 1 % agarosegel migrerer xylencyanol langsommere, mens bromphenolblåt migrerer hurtigere.