Nøgleforskellen mellem Shine Dalgarno- og Kozak-sekvensen er, at Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted i bakterielt og arkæ alt messenger-RNA, mens Kozak-sekvensen er et proteinoversættelsesinitieringssted i de fleste eukaryote messenger-RNA'er.
Shine Dalgarno- og Kozak-sekvensen er to konsensussekvenser, der er meget vigtige for oversættelsesinitiering. I molekylærbiologi er translation den proces, hvorved ribosomer i cytoplasmaet syntetiserer proteiner efter transkriptionsprocessen. Ved oversættelse afkodes et mRNA (budbringer-RNA) i et ribosom for at producere en specifik aminosyrekæde uden for kernen. Et ribosom inducerer typisk afkodningsprocessen ved at lette bindingen af komplementære tRNA-antikodonsekvenser til mRNA-kodoner. Oversættelse forløber i tre trin: initiering, forlængelse og afslutning.
Hvad er Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted i bakterielt og arkæ alt messenger-RNA. Det er generelt placeret omkring 8 baser opstrøms for startkodonet AUG. Denne RNA-sekvens hjælper med at rekruttere ribosomer til messenger-RNA'et ved at justere ribosomet med et mRNA-startkodon. Således igangsætter det proteinsyntese. En gang efter rekruttering kan tRNA'et tilføje aminosyrer i rækkefølge som dikteret af mRNA-kodonerne. Denne specielle sekvens er almindelig hos bakterier, men sjældnere hos arkæer. Desuden er det også til stede i chloroplast og mitokondrielle transkripter. Shine Dalgarno-sekvensen blev først foreslået af de australske videnskabsmænd John Shine og Lynn Dalgarno. Konsensussekvensen med seks baser er AGGAGG. For eksempel i Escherichia coli er sekvensen AGGAGGU.
Figur 01: Shine Dalgarno Sequence
Valget af initieringssted (AUG) afhænger af interaktionen mellem 30S-underenheden af ribosom og mRNA-skabelon. Den pyrimidinrige region på 16srRNA-komponenten af 30S-underenhed binder til den purinrige region kendt som Shine Dalgarno-sekvensen opstrøms for AUG-initieringskodonet i mRNA. Endvidere parrer disse komplementære nukleotidsekvenser sig under dannelsen af initieringskomplekset for at danne en dobbeltstrenget RNA-struktur. Dette letter bindingen af mRNA til et ribosom på en sådan måde, at initieringskodonet placeres ved ribosomets P-sted.
Hvad er Kozak Sequence?
Kozak-sekvensen er et proteinoversættelsesinitieringssted i de fleste eukaryote mRNA. Denne sekvens kaldes også Kozak-konsensussekvensen. Kozak-sekvens er den optimale sekvens til at initiere translation i eukaryoter. Denne sekvens er et integreret aspekt af proteinregulering. Det er også meget vigtigt for den generelle cellulære sundhed. Det hjælper med at korrigere proteinoversættelse fra genetiske meddelelser ved at formidle ribosomsamling og translationsinitiering.
Figur 02: Kozak-sekvens
Denne sekvens blev opkaldt efter videnskabsmanden, der opdagede den, Marilyn Kozak. Hun opdagede det gennem en detaljeret analyse af DNA-genomiske sekvenser. Kozak-sekvensen er 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. De store bogstaver angiver bevarede baser, mens små bogstaver angiver almindelige variable baser. R angiver en purin (adenin eller guanin), der altid er placeret på dette sted.
Hvad er lighederne mellem Shine Dalgarno og Kozak Sequence?
- Shine Dalgarno- og Kozak-sekvensen er to konsensussekvenser, der er meget vigtige ved oversættelsesinitiering.
- Begge er RNA-sekvenser.
- Den mindre underenhed af ribosomet binder til begge sekvenser.
- Begge sekvenser medierer den korrekte ribosomsamling og translationsinitiering.
- De er integrerede aspekter af proteinregulering og overordnet cellulær sundhed.
Hvad er forskellen mellem Shine Dalgarno og Kozak Sequence?
Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted, der findes i bakterielt og arkæ alt messenger-RNA, mens Kozak-sekvensen er et proteinoversættelsesinitieringssted, der findes i de fleste eukaryote messenger-RNA. Så dette er den vigtigste forskel mellem Shine Dalgarno og Kozak-sekvensen. Ydermere er Shine Dalgarno-sekvensen 5'AGGAGGU3', mens Kozak-sekvensen er 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Den følgende infografik viser forskellene mellem Shine Dalgarno- og Kozak-sekvensen i tabelform til sammenligning side om side.
Opsummering – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno- og Kozak-sekvenser er to konsensus-RNA-sekvenser, der er meget vigtige for ribosomsamling og translationsinitiering. Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted i bakterielt og arkæ alt messenger-RNA, mens Kozak-sekvensen er et proteinoversættelsesinitieringssted i de fleste eukaryote messenger-RNA. Dette opsummerer således forskellen mellem Shine Dalgarno og Kozak-sekvensen.
