Nøgleforskellen mellem molekylær docking og scoring er, at docking er en teknik, der bruges til at bestemme bindingsaffiniteten mellem to molekyler, mens scoring er en proces til at evaluere en bestemt positur ved at tælle antallet af gunstige intermolekylære interaktioner.
Begreberne molekylær docking og scoring bruges inden for molekylær modellering. Molekylær modellering er en teknik, der bruges til at bestemme de mulige arrangementer af forskellige molekyler i et givet stof. Denne teknik er vigtig for at skabe nye stabile forbindelser.
Hvad er Molecular Docking?
Molekylær docking er en beregningssimulering af en kandidatligand, der binder til en receptor. Denne metode forudsiger den foretrukne orientering af et molekyle til et andet molekyle, når de er bundet til hinanden for at danne et stabilt kompleks. Resultaterne opnået fra denne teknik kan bruges til at forudsige styrken af association eller bindingsaffinitet mellem to molekyler. Her er den molekylære scoringsfunktion også vigtig.
Figur 01: Et simpelt diagram, der viser processen med molekylære interaktioner i biologiske systemer
Generelt tager denne teknik hensyn til de biologisk relevante molekyler såsom proteiner, peptider, nukleinsyrer, kulhydrater og lipider. Disse molekyler er meget vigtige, og de spiller en vigtig rolle i sign altransduktionsmekanismer i vores krop. Derfor påvirker orienteringen af de to molekyler, der skal binde til denne sign altransduktionsproces, typen af signal, der produceres her. Det betyder; molekylær docking er vigtig for at bestemme både styrken og typen af signal, der produceres under sign altransduktion i biologiske systemer.
Desuden er molekylære docking-teknikker vigtige ved design af strukturbaserede lægemidler. Det skyldes dets forudsigelighed af bindingskonformation af små molekyler såsom ligander til et passende bindingssted.
Hvad er molekylær scoring?
Molekylær scoring er en form for matematisk funktion, der er nyttig til at evaluere fremskridt med molekylær docking. Inden for beregningskemi bruges scoringsfunktioner til at forudsige bindingsaffiniteten mellem to molekyler efter dockingprocessen. For eksempel, hvis vi har et lille molekyle af et partikellægemiddel, og der er et biologisk mål, såsom et protein, kan vi vurdere lægemidlets affinitet til bindingsstedet. Desuden kan den molekylære scoring bruges til at forudsige de intermolekylære interaktioner mellem to proteiner eller mellem et protein og DNA-molekyler.
Figur 02: Kort om scorefunktion
Den største anvendelse af molekylær scoring er i lægemiddeldesignprocesserne - for eksempel virtuel screening, de novo-design, leadoptimering osv.
Hvad er forskellen mellem molekylær docking og scoring?
Molekylær docking og scoring er vigtige i molekylær modellering. Den vigtigste forskel mellem molekylær docking og scoring er, at docking er en teknik, der bruges til at bestemme bindingsaffiniteten mellem to molekyler, hvorimod scoring er en proces til at evaluere en bestemt stilling ved at tælle antallet af gunstige intermolekylære interaktioner.
Den følgende infografik opsummerer forskellen mellem molekylær docking og scoring.
Opsummering – Molekylær docking vs Scoring
Molekylær docking og scoring er vigtige i molekylær modellering. Den vigtigste forskel mellem molekylær docking og scoring er, at docking er en teknik, der bruges til at bestemme bindingsaffiniteten mellem to molekyler, hvorimod scoring er en proces til at evaluere en bestemt stilling ved at tælle antallet af gunstige intermolekylære interaktioner.
