Nøgleforskellen mellem tilfældige primere og oligo dT er, at den tilfældige primer er en blanding af alle mulige hexamer oligonukleotidsekvenser, mens oligo dT-primeren består af en enkeltstrenget strækning på 12-18 deoxythymidiner.
Omvendt transkription er en mekanisme, hvor cDNA kan syntetiseres ved hjælp af mRNA eller en hvilken som helst art af RNA. For at producere cDNA bør revers transkriptase-enzym og andre nødvendige komponenter tilvejebringes, især template og primere. Primere er de korte DNA-sekvenser, der er specifikt designet til amplifikation af målsekvenserne. Tilfældige primere og oligo dT-primere er to almindelige typer primere, der anvendes i revers transkription. Derfor er tilfældig primer eller oligo dT-primer korte DNA-oligonukleotidsekvenser, der kræves for at revers transkriptase kan initiere revers transkription. Afhængigt af RNA-skabelonen kan den passende primer vælges blandt disse to primertyper.
Hvad er tilfældige primere?
Random primer er en blanding af oligonukleotider, der repræsenterer alle mulige hexamersekvenser. Primersekvens for tilfældig primer er 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T eller C. Derfor kan tilfældige primere bruges til amplifikation af enkeltstrenget DNA eller RNA ved hjælp af DNA-polymerase eller revers transkriptase, henholdsvis. Desuden er tilfældig primerblanding i stand til at amplificere alle regioner af RNA'et for at generere cDNA. Således producerer den forskellige længder af cDNA.
Figur 01: Tilfældige primere
Vigtigst af alt viser den tilfældige primerblanding ikke skabelonspecificitet. Det er ude af stand til at skelne mRNA og andre RNA-arter. Og det annealer med enhver art af RNA i prøven. Tilfældig primerblanding er imidlertid egnet til revers transkription af RNA'er uden poly(A)-haler, såsom rRNA, tRNA, ikke-kodende RNA'er, små RNA'er, prokaryot mRNA osv., nedbrudt RNA og RNA med kendte sekundære strukturer.
Hvad er Oligo dT?
Oligo dT primer er en strækning på 12 – 18 deoxythymin (dT). Primersekvensen kan repræsenteres som 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Det bruges til produktion af cDNA fra mRNA indeholdende poly(A) hale. Dybest set fungerer det som en primer for reaktionen katalyseret af revers transkriptase. Under den omvendte transkription annealer oligo dT-primer med den polyadenylerede hale fundet på 3´-enden af de fleste eukaryote mRNA'er og starter processen.
Figur 02: Omvendt transskription ved hjælp af Oligo dT Primer
I modsætning til tilfældig primer er oligo dT-primer ikke egnet til nedbrudt RNA eller RNA, der mangler poly(A)-haler, inklusive prokaryot RNA og mikroRNA.
Hvad er lighederne mellem Random Primere og Oligo dT?
- Random primer og oligo dT-primer er to typer primere, der bruges til revers transkription og fremstilling af cDNA.
- Brug af den tilfældige primer og oligo dT-primeren sammen øger følsomheden af cDNA-syntese.
- De er enkeltstrengede korte nukleotidsekvenser.
Hvad er forskellen mellem Random Primere og Oligo dT?
Random primer er en kort oligonukleotidsekvens sammensat af en tilfældig sekvens. I mellemtiden er oligo dT-primer en kort streng sammensat af 12 til 18 deoxythymidiner. Så dette er den vigtigste forskel mellem tilfældige primere og oligo dT. Sekvensen af tilfældig primer er 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T eller C. Hvorimod sekvensen af oligo dT primer er 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Derfor kan vi betragte dette som en anden forskel mellem tilfældige primere og oligo dT.
Desuden viser tilfældige primere ikke skabelonspecificitet, og de annealer med enhver art af RNA, mens oligo dT-primere viser specificitet for poly(A)-haler af eukaryotisk mRNA.
Nedenstående infografik opsummerer forskellen mellem tilfældige primere og oligo dT.
Opsummering – Random Primere vs Oligo dT
Random primer og oligo dT-primer er to typer primere, der anvendes i cDNA-syntese. Tilfældig primer består af en blanding af oligonukleotider, der repræsenterer alle mulige hexamersekvenser, mens oligo dT-primer er en enkeltstrenget sekvens på 12 til 18 deoxythymidiner. Så dette er den vigtigste forskel mellem tilfældige primere og oligo dT. Desuden er oligo dT-primere nyttige til fuldlængde revers transkription af RNA med poly(A)-hale, mens tilfældige primere er nyttige til revers transkription af de fleste RNA-arter, herunder nedbrudt RNA, RNA, der mangler poly(A)-haler og RNA-holdig sekundære strukturer. Derfor viser den tilfældige primer ikke skabelonspecificitet, mens oligo dT-primeren viser specificitet over for eukaryotisk mRNA indeholdende poly(A)-hale.
