Nøgleforskellen mellem målrettet og ikke-målrettet proteomics er, at målrettet proteomics sigter mod at måle mængden af et specifikt protein, mens ikke-målrettet proteomics ikke målretter mod et specifikt protein.
Proteomics er den storstilede undersøgelse af proteiner, deres strukturer og funktioner. Den studerer hele proteinkomplementet i en celle, et væv eller en organisme under specifikke forhold. Der er to typer proteomik som målrettet proteomik og ikke-målrettet proteomik.
Hvad er målrettet proteomik?
Som navnet indikerer, er målrettet proteomik rettet mod et specifikt protein eller et peptid i en kompleks blanding af proteiner til analyse. Derefter analyserer den tilstedeværelsen og mængden af det forudvalgte specifikke protein. Denne metode er kun mulig for én prøve eller på tværs af flere prøver. Denne metode er egnet selv til en specifik gruppe af proteiner. Det resulterer i mere præcise, kvantitative og følsomme data. Desuden producerer massespektrometri kombineret med målrettet proteomik mere nøjagtige pålidelige målinger. Denne metode bruger triple quadrupole massespektrometer (QQQ) til sin analyse.
Figur 01: Proteomics
Targeted proteomics er en velegnet metode, hvis du vil verificere, om et knockdown-mål rent faktisk er slået ned, eller når du vil kvantificere et bestemt protein/peptid i blodserum, cerebralvæske eller i cellelysat osv. Du kan også brug det, hvis du vil kontrollere, om et bestemt protein udtrykkes differentielt på tværs af prøver eller under et tidsforløbseksperiment.
Hvad er Untargeted Proteomics?
Umålrettet proteomik, som navnet nævner, er ikke målrettet mod et specifikt protein eller peptid til dets analyse. Discovery proteomics er et andet navn for Untargeted proteomics. Faktisk er det en mere 'global' analyse. Generelt er udførelse af ikke-målrettet proteomik at besvare spørgsmålet "hvilket protein eller hvilke proteiner er der i denne prøve eller flere prøver?". Denne metode er ikke følsom som målrettet proteomik. Men det kan identificere og måle mange proteiner, herunder nye proteiner. Ikke-målrettet proteomik kan producere både kvantitative og kvalitative målinger.
Hvad er lighederne mellem målrettet og ikke-målrettet proteomik?
- Både målrettet og ikke-målrettet proteomik måler proteiner i prøver.
- De er vigtige i proteomanalyse.
- Disse metoder bruger massespektrometri.
Hvad er forskellen mellem målrettet og ikke-målrettet proteomics?
For det første er målrettet proteomik bestemmelsen af tilstedeværelsen og mængden af et bestemt protein eller peptid i en kompleks blanding af proteiner. I modsætning hertil er ikke-målrettet proteomik den kvantitative og kvalitative undersøgelse af proteiner til stede i en prøve eller prøver uden at målrette et bestemt protein. Målrettet proteomik udføres med forudvalgte eller målrettede proteiner, mens ikke-målrettet proteomik udføres for at finde ud af typerne af proteiner i denne prøve. Desuden er målrettet proteomics mere følsom end ikke-målrettet proteomics.
Oversigt – målrettet vs ikke-målrettet proteomik
For at opsummere er målrettet og ikke-målrettet proteomik to typer proteinundersøgelser. Som deres navne antyder, er målrettet proteomics rettet mod et specifikt protein, mens ikke-målrettet proteomics ikke retter sig mod et specifikt protein. Dette er forskellen mellem målrettet og ikke-målrettet proteomics.
