Nøgleforskel – Exome vs Transcriptome
Et gen indeholder kodende og ikke-kodende regioner i det. Kodende sekvenser er kendt som exoner, og ikke-kodende sekvenser er kendt som introner. Nukleotidsekvensen af et gens exoner repræsenterer den genetiske kode for genet til at syntetisere det specifikke protein. Derfor forbliver exoner i mRNA-molekylet. Den totale exon-region af genomet er kendt som exome, og det er en vigtig del af genomet. Genernes genetiske kode omdannes til den genetiske kode for mRNA-molekylet, som er nødvendig for produktionen af protein. Hele mRNA-molekylerne transskriberet i en celle eller en cellepopulation ad gangen er kendt som et transkriptom. Den vigtigste forskel mellem exom og transkriptom er, at exome repræsenterer sekvenserne af exon-regionerne i genomet, mens transkriptom repræsenterer det samlede mRNA af en celle eller et væv på et givet tidspunkt.
Hvad er Exome?
Gen er sammensat af exoner, introner og regulatoriske sekvenser. Exoner er de genregioner, der transskriberes til mRNA-sekvens under transkriptionen. Introner og andre ikke-kodende regioner fjernes under transkriptionen. Nukleotidsekvensen af exoner bestemmer den genetiske kode for genet, som syntetiserer det specifikke protein, det koder. Kun exoner forbliver i et proteins mRNA. Samlingen af exoner i genomet er kendt som exome af en organisme. Det repræsenterer en del af genomet, som udtrykkes i gener. Hos mennesker udgør exome 1% fra genomet. Det er den proteinkodende del af det menneskelige genom.
Figur 01: Exome
Hvad er Transcriptome?
Transkriptomet er samlingen af alle proteinkodende og ikke-kodende transkripter (RNA'er) i et givet væv. Transkriptom repræsenterer samlingen af totale mRNA-molekyler udtrykt af generne i en celle eller et væv. Transkriptomet af en celle kan varieres med transkriptomet af en anden celletype. Transkriptomet er også dynamisk - det ændrer sig med tiden som reaktion på både indre og ydre stimuli. Selv i det samme væv eller inden for den samme celletype kan transkriptomet ændre sig efter få minutter.
Transkriptom adskiller sig fra exom af en organisme. Transkriptom inkluderer kun de udtrykte exomsekvenser. Selvom exomet af en celle forbliver det samme, adskiller transkriptomet sig blandt celler, da genekspression ikke er det samme for alle celler eller væv. Kun essentielle gener udtrykkes i forskellige celler og væv. Genekspression er en vævs- eller celletypespecifik proces. Det er reguleret af forskellige faktorer, herunder miljøfaktorer. Derfor kan transkriptomet variere med eksterne miljøforhold.
Transkriptom bruges som en forløber for proteomiske undersøgelser. Alle proteiner er afledt af mRNA-sekvenser. Translationelle modifikationer kan resultere i ændringer i proteiner. Transkriptom giver dog vigtig grundlæggende information til de proteomiske undersøgelser.
Figur 02: Transkriptom af embryonale stamceller
Hvad er forskellen mellem Exome og Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome er samlingen af proteinkodende region af generne. | Transcriptome er samlingen af alt transskriberet RNA inklusive mRNA. |
| Eksempel | |
| Exome er undersøgt ved hjælp af DNA-prøve. | Transkriptom studeres ved hjælp af en RNA-prøve. |
| Undersøgelsesmetode | |
| Hele exome-sekventering er metoden til at studere exome. | RNA-sekventering er metoden til at studere transkriptom. |
Opsummering – Exome vs Transcriptome
Exoner er genernes kodende sekvenser og bestemmer proteinernes mRNA-sekvenser. Samlingen af disse kodende sekvenser (exoner) er kendt som exome af en organisme. Gener transskriberes til mRNA-molekyler før fremstilling af proteiner. De samlede mRNA-molekyler i en celle eller et væv på et givet tidspunkt er kendt som transkriptom. Transkriptom repræsenterer de gener, der bliver aktivt udtrykt i mRNA på et givet tidspunkt. Transkriptom er celle- og vævsspecifikt og påvirker de miljømæssige forhold. Dette er forskellen mellem exom og transkriptom.
