Nøgleforskel – Probe vs Primer
Den molekylære probe er et lille DNA- eller RNA-fragment, der genkender de komplementære sekvenser i DNA eller RNA og tillader identifikation af målsekvensen. Primer er en lille strækning af DNA eller RNA, der tjener som udgangspunkt for DNA-syntese. Primere og prober hybridiserer med de komplementære nukleotider af template-DNA'et eller mål-DNA'et. Den vigtigste forskel mellem probe og primer er imidlertid, at primere er nødvendige for DNA-replikation, mens prober er nødvendige for påvisning af specifikke sekvenser i prøve-DNA'et.
Hvad er en sonde?
Probe er et lille fragment af DNA eller RNA, der bruges til at detektere mål-DNA'et eller RNA'et i prøven ved molekylær hybridisering. De er også kendt som molekylære markører. Længden af proben kan variere (100 til 1000 baser), og probenukleotider er komplementære til delen af målsekvensen. For at lette påvisningen er prober mærket med radioaktive isotoper eller med fluorescerende farvestoffer eller antistoffer. Prober binder til de komplementære baser af målsekvensen og afslører tilstedeværelsen af mål-DNA'et eller -RNA'et i prøven. Der er to hovedmetoder til mærkning af prober: endemærkning og nick-translation. Prober er kategoriseret i forskellige typer, herunder DNA-prober, RNA-prober, cDNa-prober og syntetiske oligonukleotidprober, og de fremstilles ved hjælp af forskellige teknikker.
Prober er vigtige værktøjer inden for mange mikrobielle og molekylære områder såsom virologi, retsmedicinsk patologi, faderskabstest, DNA-fingeraftryk, påvisning af genetiske sygdomme, RFLP, molekylær cytogenetik, in situ hybridisering osv.
Figur 01: Fluorescensmærket probe brugt i FISH til påvisning af patogen
Hvad er en Primer?
Primer er et kort DNA- eller RNA-fragment, der tjener som initiator til DNA-syntese. DNA-polymeraseenzym tilføjer nukleotider til 3' OH-gruppen af primersekvensen og syntetiserer den nye streng komplementær til template-DNA'et. Primere er meget korte fragmenter med en længde på 18 til 20 nukleotider. De syntetiseres kemisk i laboratoriet til in vitro DNA-amplifikation (PCR). Primere kan have en hvilken som helst sekvens af nukleotider, da de er designet af brugeren. De syntetiseres til at matche med de komplementære baser af template-DNA'et. Derfor kan det have en hvilken som helst sekvens af nukleotider. Primere er af yderste vigtighed for DNA-replikation, da DNA-polymerase ikke kan syntetisere nyt DNA uden et allerede eksisterende stykke DNA. Når du designer primerne til PCR, skal følgende ting tages i betragtning:
- Primere bør indeholde de komplementære nukleotider til den flankerende ende af det DNA, der ønsker at amplificere.
- Primere skal have en smeltetemperatur på mellem 55 – 65 0C
- G- og C-indhold skal være mellem 50 og 60%.
To primere bruges i PCR som forlæns og omvendt for at replikere begge strenge af prøve-DNA'et. Primere bruges almindeligvis til at udføre PCR og DNA-sekventering.
Figur 02: Primer-udglødning i PCR
Hvad er forskellen mellem Probe og Primer?
Probe vs Primer |
|
| Probe er et lille fragment af DNA/RNA, der bruges til at påvise tilstedeværelsen af målsekvensen i en prøve ved molekylær hybridisering. | Primer er en lille strækning af DNA eller RNA, der tjener som udgangspunkt for DNA-replikation. |
| Function | |
| Dette detekterer tilstedeværelsen af en specifik sekvens i prøven af DNA eller RNA. | Dette fungerer som udgangspunkt for DNA-syntese. |
| Length | |
| Længde kan være i intervallet 100 – 1000 baser | Længde er generelt omkring 18 – 20 baser |
| Binding med komplementær sekvens | |
| Probe hybridiserer med de komplementære baser af målsekvensen | Primer annealer med de komplementære baser af DNA-strengene. |
| Mærkning | |
| Prober er mærket for at lette detektion | Primere er generelt ikke mærket |
| Brug i PCR | |
| Prober bruges ikke i PCR | Primere bruges i PCR |
Oversigt – Probe vs Primer
Probe er et lille fragment af DNA- eller RNA-sekvens, der kan hybridiseres med komplementære nukleotider for at påvise en målsekvens i prøven. Prober mærkes radioaktivt, immunologisk eller fluorescerende for at se tilstedeværelsen af målsekvens. Primer er et meget lille DNA- eller RNA-fragment, der fungerer som udgangspunkt for in vitro DNA-amplifikation. DNA-polymerase identificerer 3' OH-gruppeprimer og initierer bygningen af en ny streng komplementær til skabelonen. Prober og primere virker på samme måde ved at hybridisere med komplementære nukleotider. Den vigtigste forskel mellem probe og primer er således deres primære funktion.
