Nøgleforskellen mellem radioaktive og ikke-radioaktive prober er, at radioaktive prober er enkeltstrengede DNA- eller RNA-sekvenser, der er mærket med radioaktive isotoper, mens ikke-radioaktive prober er enkeltstrengede DNA- eller RNA-sekvenser, der er mærket med et kemisk mærke eller et fluorescerende mærke.
Nukleinsyrehybridisering er en vigtig teknik inden for molekylærbiologi, især i mikrobiel diagnose. Det hjælper med at identificere eller detektere en bestemt nukleinsyresekvens. I denne teknik fikseres nukleinsyrer til en fast overflade og hybridiseres med en probe. En probe er et fragment af DNA eller RNA, der er komplementært til en sekvens af interesse. Hvis målsekvensen er til stede i prøven, vil proben hybridisere med den og gøre den påviselig. Der er to typer sonder som radioaktive og ikke-radioaktive sonder. Derfor kan vi mærke proberne med et radioaktivt mærke eller et fluorescerende mærke.
Hvad er radioaktive sonder?
Radioaktive prober er de enkeltstrengede DNA- eller RNA-fragmenter med et radioaktivt mærke. Radioisotoper anvendes til fremstilling af radioaktive sonder. Radioisotoper 32P, 33P og 35S er almindeligt anvendt til mærkning af prober. Desuden bruges radioisotoper 3H og 1251 også i mindre grad til mærkning af prober. Men de bruges til specifikke applikationer. Blandt forskellige radioisotoper er 32P den mest almindeligt anvendte isotop til mærkning af radioaktive prober.
Radioaktive sonder giver en højere grad af pålidelighed og specificitet. Derfor giver de maksimal følsomhed og tillader nøjagtig kvantificering af målsekvenser. Der er dog flere ulemper forbundet med radioaktive sonder. De har kort halveringstid. Desuden er de farlige, og produktion, brug og bortskaffelse er problematiske ved håndtering. Derudover er radioaktiv probeforberedelse en bekostelig proces. På grund af sikkerhedsproblemerne og omkostningerne bruges radioaktive sonder derfor ikke som ikke-radioaktive sonder i dag.
Hvad er ikke-radioaktive sonder?
Ikke-radioaktive prober er den anden type prober, der er kemisk mærkede. Digoxigenin er en ikke-radioaktiv probe, som er en antistofbaseret markør. Digoxigenin-prober er specifikke og følsomme. Biotin er et andet mærke, der anvendes i ikke-radioaktiv probepræparation. Biotin/Streptavidin og Digoxigenin/Antistof-detektionssystemer er de mest almindeligt anvendte ikke-radioaktive prober i hybridisering. Ydermere er peberrodsperoxidasesystemet et andet ikke-radioaktivt probesystem. Når først disse ikke-radioaktive prober er hybridiseret med målsekvenserne, kan de påvises via autoradiografi eller andre billeddannelsesteknikker.
Figur 01: Hybridisering med ikke-radioaktive sonder
Ikke-radioaktive prober bruges oftere i nukleinsyrehybridisering end radioaktive prober. Dette skyldes, at ikke-radioaktive sonder ikke er forbundet med farlige materialer. Endvidere kræver ikke-radioaktive detektionsmetoder kortere eksponeringstider for at detektere hybridiseringssignalet. Imidlertid er trinene involveret i DNA-hybridisering med ikke-radioaktive prober norm alt kedelige og tidskrævende. Desuden er kommercielt tilgængelige løsninger dyre.
Hvad er lighederne mellem radioaktive og ikke-radioaktive sonder?
- Radioaktive og ikke-radioaktive prober er to typer prober, der bruges til nukleinsyrehybridisering.
- De letter påvisningen af målsekvenser i prøven.
- Begge typer prober er lige følsomme og specifikke.
Hvad er forskellen mellem radioaktive og ikke-radioaktive sonder?
Radioaktive prober er de enkeltstrengede DNA- eller RNA-sekvenser mærket med radioaktive isotoper, mens ikke-radioaktive prober er de enkeltstrengede DNA- eller RNA-sekvenser mærket med et kemisk mærke. Så dette er den vigtigste forskel mellem radioaktive og ikke-radioaktive sonder. Radioaktive isotoper er også farlige. Derfor er radioaktive sonder betydeligt farlige, mens ikke-radioaktive sonder ikke er farlige.
En anden forskel mellem radioaktive og ikke-radioaktive sonder er desuden deres ulemper. Korte halveringstider og de farer, der er forbundet med deres produktion, brug og bortskaffelse, er ulemperne ved at bruge radioaktive sonder. På den anden side er trinene involveret i DNA-hybridisering med ikke-radioaktive prober sædvanligvis kedelige og tidskrævende.
Infografikken nedenfor viser flere sammenligninger relateret til forskellen mellem radioaktive og ikke-radioaktive sonder.
Opsummering – Radioaktive vs ikke-radioaktive sonder
En probe er et fragment af DNA eller RNA, der indeholder en nukleotidsekvens, som er komplementær til sekvensen af interesse. For at påvise målsekvensen kan proberne mærkes radioaktivt, fluorescerende eller kemisk. Prober binder med komplementære sekvenser i prøven. Radioaktive prober er mærket med radioaktive isotoper, mens ikke-radioaktive prober er mærket med biotin, digoxigenin eller peberrodsperoxidase. Dette er således den vigtigste forskel mellem radioaktive og ikke-radioaktive sonder.
